[发明专利]一种基于单核苷酸多态性的小麦分子条形码

说明书

本发明公开了一种基于单核苷酸多态性的小麦分子条形码。本发明提供了检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定小麦品种中的应用；本研究拟利用目前高通量SNP芯片，从中筛选出数量最小、分辨率最强的一套SNP标记作为条形码，提高小麦育种和科研对小麦资源的利用效率。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种基于单核苷酸多态性的小麦分子条形码。

背景技术

DNA指纹图谱技术已经被广泛用于作物材料鉴定、分析和品种保护(Wang 2006).作为DNA指纹图谱的分子标记经历了三个阶段：第一代分子标记是限制性片段长度多态性(RFLP)，但其操作复杂、多态性低和花费高，利用时间较短(Grover&Sharma 2015)；第二代分子标记是简单序列重复(SSR)，其操作相对简单、多态性较高和成本较低，因此被广泛应用于作物遗传研究(Wu&Tanksley 1993；Brunel 1994；al.1998)；SNP是第三代分子标记，随着下一代测序技术的发展和全基因组测序成本逐步降低，许多重要作物全基因组测序完成，产生了大量的SNP数据并据此开发了SNP芯片(Cavanagh et al.2013；Chen etal.2014；Mondenet al.201；Unterseeret al.2014；Wang et al.2014；Hulse-Kemp etal.2015；Lee et al.2015；)。SNP芯片操作流程标准化，不同实验室间产生的数据具有可比性。理论上讲，芯片上布列的SNP点在染色体或基因组上的位置是唯一的，从而在很大程度上避免了多拷贝数基因SNP带来的分型困扰。这点对于普通小麦这样的多倍体物种尤其重要。近年来，已经陆续有几款小麦SNP芯片产品，如illumina公司推出的9K、90K SNP芯片和Affymetrix公司推出的35K、817K和660K SNP芯片。这些小麦SNP芯片已经用于小麦群体结构、遗传变异、选择进化与全基因组关联分析(Cavanagh et al.2013；Fariset al.2014；Wang et al.2014；Zanke et al.,2015).

发明内容

本发明一个目的是提供检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质的用途。

本发明提供检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定小麦品种中的应用；

或检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定小麦品种的试剂盒中的应用；

所述43个SNP位点为如下：IWA530、IWA2783、IWA5405、IWA5186、IWA4153、IWA4154、IWA4155、IWA4031、IWA695、IWA4525、IWA4884、IWA2938、IWA2442、IWA4323、IWA2961、IWA5285、IWA5106、IWA2037、IWA8303、IWA662、IWA5618、IWA6279、IWA3710、IWA2124、IWA3835、IWA3011、IWA1691、IWA4854、IWA5375、IWA4805、IWA5326、IWA1755、IWA2698、IWA6526、IWA7177、IWA224、IWA8380、IWA3312、IWA2476、IWA2506、IWA4187、IWA1437和IWA304。

上述应用中，鉴定或辅助鉴定小麦品种为鉴定或辅助鉴定待测小麦是否为表2和/或表3所示某个小麦品种，具体方法包括如下步骤：检测待测小麦品种基因组所述43个SNP位点基因型，将所述待测小麦品种43个SNP位点基因型与表2和/或表3所示每个小麦品种的43个SNP位点基因型进行比较，确定待测小麦是否为表2和/或表3所示某个小麦品种。

本发明另一个目的是提供检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质的用途。

本发明提供检测小麦基因组中43个SNP位点的多态性或基因型的物质在区分或辅助区分小麦品种中的应用；