[发明专利]一个猪6号染色体上用于溯源的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一个猪6号染色体上用于溯源的SNP分子标记及其应用，所述的SNP分子标记通过NCBI数据库序列比对获得，其由Ecol30I限制性内切酶识别，共578bp，第232位碱基处有一个碱基替换，为232C或232T，其序列如SEQ ID NO.1所示。通过在包括10个猪品种或品系的试验群体中分析SNP分子标记在试验群体中等位基因的分布情况，发现本发明的SNP分子标记在不同的品种或品系中的等位基因频率接近，多态性丰富，品种或品系间等位基因频率分布差异小，并且杂合度都大于0.3，该SNP标记可用作猪肉产品DNA溯源。

技术领域

本发明属食品安全领域，具体涉及一个猪6号染色体上用于溯源的SNP分子标记及其应用。

背景技术

随着社会的发展，食品供应链中的环节在不断增加，从农场、牧场到食品企业的加工、包装、储藏、运输和销售，食品供应的各个环节存在食品的安全隐患，食品安全问题常有发生。因此需要进行肉制品的可追溯管理，建立从产地到餐桌的各个环节的追溯体系，从而为消费者提供准确而详细的有关产品的信息，有利于生产经营者及时发现各环节中存在的不安全隐患。从20世纪90年代中期的食品安全危机开始，肉产品的追溯已经作为一种安全控制措施，受到世界多个国家的高度重视。肉产品追溯系统加强了政府部门对肉产品质量安全的监管能力，因此许多国家纷纷建立肉产品追溯系统用以降低肉产品质量安全中存在的风险。

肉产品溯源技术有标签溯源技术、同位素溯源技术、矿物元素指纹溯源技术、有机物溯源技术虹膜特征技术和DNA标记溯源技术(或DNA溯源技术)等，其中DNA溯源技术因为检测手段简单、快速、难以伪造等特点成为世界各国广泛应用的快速溯源技术。与其他标记方法相比，DNA标记具有特有放入优越性：它直接以DNA形式出现，在生物体的各个组织、各发育时期均可检测到，不受环境因素的影响，并且标记数量多，遍及生物体整个基因组。

SNP标记是指基因组同一位点上单个核苷酸的变异，一般表现为二等位基因，适宜高通量自动化分析，所以成为动物身份识别最受关注的分子标记。

但是用于肉产品溯源的SNP标记不同于一般的SNP标记，对于单个的SNP标记，它必须至少具有以下特征：(1)变异度高，在品种或品系中等位基因频率接近；(2)品种间等位基因分布频率差异小；(3)杂合度大于等于0.3。

在长期的育种工作中，研究者积累了大量的SNP标记，由于单个SNP溯源标记是无法完成溯源的，因此，需要一组相互独立的SNP标记才能实现溯源。以现有的13个已知SNP分子标记作为溯源标记组合，在经过高度选择引进的猪群体中，使用该组标记进行溯源时，会出现某些个体不能区分的情况。

另外，在长期的育种工作中，积累的大量的SNP标记往往集中分布在某些染色体上，而另外部分染色体，如5号，6号，8号，14号，15号和18号染色体等则缺乏SNP标记，容易导致分子标记间出现连锁现象，分子标记之间不能互相独立，缩小溯源实验的检测范围，导致实际可检测范围小于预期可检测范围。因此，为了满足对猪肉产品进行DNA溯源的要求，需要开发其他染色体上用于溯源的SNP标记，提高溯源检测范围及准确度。

发明内容

本发明的目的在于提供一个猪6号染色体上用于溯源的SNP分子标记及其应用，可以广泛用于猪肉产品DNA溯源及其检测，特别是用于猪肉产品的安全性溯源，完善了现有标记组合，提高溯源检测准确度，扩大了溯源规模。

为实现上述目的，本发明的技术方案如下：

猪6号染色体上用于溯源的SNP分子标记，该SNP分子标记的DNA序列如SEQ IDNO.1所示，共578bp，第232位碱基处有一个碱基替换，为232C或232T。

进一步，所述的SNP分子标记由Ecol30I限制性内切酶识别。