[发明专利]基于泊松分布模型的蛋白质二级质谱鉴定方法有效

专利信息
申请号: 201510799996.1 申请日: 2015-11-19
公开(公告)号: CN105823883B 公开(公告)日: 2017-07-18
发明(设计)人: 陈晓舟;肖传乐;朱思敏;陈君华 申请(专利权)人: 云南民族大学
主分类号: G01N33/68 分类号: G01N33/68
代理公司: 广州天河恒华智信专利代理事务所(普通合伙)44299 代理人: 张培祥
地址: 650504 云南*** 国省代码: 云南;53
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摘要:
搜索关键词: 基于 分布 模型 蛋白质 二级 鉴定 方法
【权利要求书】:

1.一种基于泊松分布模型的蛋白质二级质谱鉴定方法,其特征在于,包括如下步骤:

(1)虚拟酶解蛋白质数据库序列,并根据肽段的质量数对酶解后的肽段建立肽段数据库和肽段数据库索引;

(2)根据待分析实验图谱中母离子的核质比在步骤(1)所述的肽段数据库中找出符合要求的候选肽段,将选出符合要求的候选肽段作为理论图谱;

(3)对待分析实验图谱进行去同位素峰和去噪处理;

(4)将步骤(3)中的待分析实验图谱和步骤(2)中每张候选肽段的理论图谱进行匹配打分,选择得分最高的候选肽段作为本次实验图谱的鉴定结果;

所述步骤(4)将待分析实验图谱和理论图谱进行匹配打分包括:基于泊松分布的连续匹配打分,基于泊松分布的b、y离子的匹配打分,具体如下:

1)基于泊松分布的连续匹配打分:

<mrow><msub><mi>S</mi><mn>1</mn></msub><mo>=</mo><mo>-</mo><mi>lg</mi><mrow><mo>(</mo><mfrac><mrow><msup><mrow><mo>(</mo><mn>0.1789</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub><mo>)</mo></mrow><mrow><mo>(</mo><msub><mi>K</mi><mn>1</mn></msub><mo>+</mo><mo>&lsqb;</mo><mn>0.1789</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub><mo>&rsqb;</mo><mo>+</mo><mn>1</mn><mo>)</mo></mrow></msup><mo>&CenterDot;</mo><msup><mi>l</mi><mrow><mo>-</mo><mn>0.1789</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub></mrow></msup></mrow><mrow><mo>(</mo><msub><mi>K</mi><mn>1</mn></msub><mo>+</mo><mo>&lsqb;</mo><mn>0.1789</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub><mo>&rsqb;</mo><mo>+</mo><mn>1</mn><mo>)</mo><mo>!</mo></mrow></mfrac><mo>)</mo></mrow><mo>+</mo><mi>lg</mi><mrow><mo>(</mo><mfrac><mrow><msup><mrow><mo>(</mo><mn>0.1789</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub><mo>)</mo></mrow><mrow><mo>(</mo><mo>&lsqb;</mo><mn>0.1789</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub><mo>&rsqb;</mo><mo>+</mo><mn>1</mn><mo>)</mo></mrow></msup><mo>&CenterDot;</mo><msup><mi>l</mi><mrow><mo>-</mo><mn>0.1789</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub></mrow></msup></mrow><mrow><mo>(</mo><mo>&lsqb;</mo><mn>0.1789</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub><mo>&rsqb;</mo><mo>+</mo><mn>1</mn><mo>)</mo><mo>!</mo></mrow></mfrac><mo>)</mo></mrow></mrow>

其中k1是实验图谱匹配数,K1是实验图谱连续匹配上的个数,S1是连续匹配的得分,0.1789是随机匹配的概率值,等于实际连续错误匹配数除以理论连续错误匹配数;

2)基于泊松分布的b、y离子的匹配打分:

<mrow><msub><mi>S</mi><mn>2</mn></msub><mo>=</mo><mo>-</mo><mi>lg</mi><mrow><mo>(</mo><mfrac><mrow><msup><mrow><mo>(</mo><mn>0.2110</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub><mo>)</mo></mrow><mrow><mo>(</mo><msub><mi>K</mi><mn>2</mn></msub><mo>+</mo><mo>&lsqb;</mo><mn>0.2110</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub><mo>&rsqb;</mo><mo>+</mo><mn>1</mn><mo>)</mo></mrow></msup><mo>&CenterDot;</mo><msup><mi>l</mi><mrow><mo>-</mo><mn>0.2110</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub></mrow></msup></mrow><mrow><mo>(</mo><msub><mi>K</mi><mn>2</mn></msub><mo>+</mo><mo>&lsqb;</mo><mn>0.2110</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub><mo>&rsqb;</mo><mo>+</mo><mn>1</mn><mo>)</mo><mo>!</mo></mrow></mfrac><mo>)</mo></mrow><mo>+</mo><mi>lg</mi><mrow><mo>(</mo><mfrac><mrow><msup><mrow><mo>(</mo><mn>0.2110</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub><mo>)</mo></mrow><mrow><mo>(</mo><mo>&lsqb;</mo><mn>0.2110</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub><mo>&rsqb;</mo><mo>+</mo><mn>1</mn><mo>)</mo></mrow></msup><mo>&CenterDot;</mo><msup><mi>l</mi><mrow><mo>-</mo><mn>0.2110</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub></mrow></msup></mrow><mrow><mo>(</mo><mo>&lsqb;</mo><mn>0.2110</mn><msub><mi>k</mi><mn>1</mn></msub><mo>&rsqb;</mo><mo>+</mo><mn>1</mn><mo>)</mo><mo>!</mo></mrow></mfrac><mo>)</mo></mrow></mrow>

其中K2是实验图谱和理论图谱中b/y离子的匹配个数,S2是b/y匹配的得分,0.2110是随机匹配的概率,等于实际错误匹配数除以理论错误匹配数;

3)基于泊松分布模型的总的打分:

<mrow><mi>S</mi><mo>_</mo><mi>P</mi><mi>e</mi><mi>p</mi><mo>=</mo><mrow><mo>(</mo><msub><mi>S</mi><mn>1</mn></msub><mo>+</mo><msub><mi>S</mi><mn>2</mn></msub><mo>)</mo></mrow><mo>*</mo><mfrac><mrow><mn>1</mn><mo>+</mo><munderover><mo>&Sigma;</mo><mrow><mi>i</mi><mo>=</mo><mn>1</mn></mrow><mi>K</mi></munderover><msub><mi>Pr</mi><mi>i</mi></msub></mrow><mrow><mn>1</mn><mo>+</mo><mi>K</mi><mo>&times;</mo><mn>0.155</mn></mrow></mfrac></mrow>

(5)针对所有实验的鉴定结果进行整体的假阳性控制。

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