[发明专利]基于KASP技术开发的用于棉花杂交种鉴定的核心SNP标记

说明书

本发明提供了一种基于KASP技术开发的用于棉花杂交种鉴定的核心SNP标记，这些SNP标记分布于棉花四倍体基因组26条染色体上，每条染色体各1个SNP标记，共26个SNP标记。基于这套核心SNP标记，可实现对棉花杂交种进行高通量的SNP分型检测。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，具体地说，涉及一种基于KASP技术开发的用于棉花杂交种鉴定的核心SNP标记。

背景技术

棉花是我国主要的经济作物，优良新品种的培育与推广对国民经济的发展与人民生活水平的提高具有重要意义。近年来，随着棉花杂交育种工作的迅速开展，加上杂交种所表现出的杂种优势，棉花杂交种在我国得到了广泛的推广与种植。棉花杂交种具有高产、优质、抗逆性强等优良特征特性，一般较常规品种增产15％左右。然而，棉花杂交种生产为劳动密集型产业，制种成本相对较高，杂交种子棉收购价格一般是普通常规棉种的4-5倍，受利益的驱动，即使在管理严格的情况下，以常规种(或亲本)冒充杂交种、或其他杂交种冒充畅销杂交种等掺杂使假的现象仍时有发生。依据形态性状进行杂交种田间鉴定的传统手段时效性差，且容易受到环境与主观因素的影响，杂交种市场混乱的局面难以得到有效控制。

近年来，分子生物学的发展使品种鉴定进入到基因水平，与传统的形态学方法和蛋白质电泳技术相比，DNA标记技术能揭示更多的多态性，具有准确可靠、简单快速、易于自动化的优点，是品种鉴定技术的发展趋势。国际植物新品种保护联盟(UPOV)于2010年发布了DNA分子标记选择和数据库构建指南(简称BMT指南)，并指出SSR和SNP标记是特别适用于品种鉴定的方法。SSR标记具有多态性高、呈共显性等优点，在品种鉴定工作中得到比较成熟且广泛的应用。但在实践过程中，也暴露出其检测位点较少、结果代表性较差、不宜实现数据共享等难以克服的缺陷。SNP标记作为第三代分子标记，与SSR标记相比具有以下优势：一是在基因组中密度更高分布更均匀；二是更适合数据库整合和数据共享；三是与功能基因甚至植物表型关联度高。因此，SNP标记目前被公认是极具应用前景的分子标记技术。SNP位点有基于测序、芯片及PCR等各种平台的检测方法。其中，KASP(Kompetitive AlleleSpecific PCR，即竞争性等位基因特异性PCR)技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型以及检测InDels(Insertions and Deletions，插入和缺失)，可在广泛的基因组DNA样品中(甚至是一些复杂基因组的DNA样品)，对SNPs和特定位点上的InDels进行精准的双等位基因判断，该技术具有高度稳定性与准确性的特点。

发明内容

本发明的目的是提供一种基于KASP技术开发的用于棉花杂交种鉴定的核心SNP标记。

为了实现本发明目的，本发明的一种基于KASP技术开发的用于棉花杂交种鉴定的核心SNP标记，所述核心SNP标记的编号分别为CS01～CS26，它们的信息见表1：

表1用于棉花杂交种鉴定的核心SNP标记的位点信息