[发明专利]金针菇SSR分子标记及其对应引物与应用

说明书

本发明提供金针菇SSR分子标记及其对应引物与应用，金针菇SSR分子标记为序列表中SEQIDNO:1至SEQIDNO:13中的任意一个SSR位点；金针菇SSR分子标记位点两端的侧翼序列上开发的金针菇SSR引物具有序列表中SEQIDNO:14至SEQIDNO:39中所示的碱基序列。在已有金针菇基因组的基础上利用生物信息学方法对其基因组SSR位点进行检测并开发引物，利用不同金针菇菌株对这些SSR位点进行筛选后得到13对多态性较高的SSR分子标记，上述SSR分子标记可用于金针菇的种质资源鉴定、保护及品种选育。

技术领域：

本发明属于分子生物学DNA分子标记技术领域，具体涉及对金针菇不同菌株进行鉴定的SSR标记方法，金针菇SSR分子标记及其对应引物序列的开发与应用。

背景技术：

金针菇Flammulina velutipes隶属于膨瑚菌科Physalacriaceae冬菇属Flammulina，是我国主要栽培食用菌种类之一，2012年我国金针菇年产量240 万吨，居世界第一位。然而，目前我国金针菇产业大而不强，菌种问题成为金针菇产业发展的瓶颈，具体表现为：在实际生产过程中常出现各单位引种途径不一，引种后各自取名、各自编号，出现很多同物异名现象。不合理的引种、育种往往造成品种质量低劣，损害菇农利益，侵犯品种权(张金霞等，2004；冯作山，2010)。为规范菌种开发和保护，开发一套快速有效的鉴别金针菇不同品种的方法已成为当务之急。

目前，基于DNA序列的分子标记方法是DNA水平遗传多态性的直接反应，能有效对近缘种或种下不同个体进行准确鉴别(Freeland，2005)。相较于其它分子标记方法，SSR分子标记具有广泛分布于基因组的编码区及非编码区、共显性、多态性高、稳定性好、易于扩增等优点。随着越来越多的物种的基因组被测序，基于基因组序列，运用生物信息学的方法从基因组中直接开发SSR标记克服了基于实验手段开发SSR标记费时费力的缺点，该方法成为目前开发SSR标记的主流方法。因此，利用已有的金针菇基因组数据开发高分辨率的SSR标记对金针菇种质资源鉴定、保护及品种选育具有重要意义。

发明内容：

本发明的目的在于提供一种对金针菇不同菌株进行准确鉴定的SSR标记方法，该方法为金针菇的种质资源鉴定、保护及品种选育提供有力工具。

为了实现本发明的上述目的，本发明提供了如下的技术方案：

金针菇SSR分子标记，其为序列表中SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:13中的任意一个SSR位点。

在所述的金针菇SSR分子标记位点两端的侧翼序列上的金针菇SSR引物，其具有序列表中SEQ ID NO:14至SEQ ID NO:39中所示的碱基序列。

如所述的金针菇SSR分子标记，其中所述金针菇SSR分子标记13个SSR 位点在55个金针菇样品中的等位基因数Na为2-8个，平均4.2个，香浓多样性指数I平均值为0.821，观测杂合度Ho平均值为0.401，期望杂合度He平均值为0.455，多态性信息含量PIC平均值为0.426，13个SSR位点在金针菇样本中具有较高的多态性。

如所述的金针菇SSR分子标记和金针菇SSR引物，其中所述的金针菇SSR 分子标记及对应SSR引物的的核苷酸序列如表1，

表1 SSR位点及引物序列

所述的金针菇SSR分子标记的开发方法，包括下述步骤：用生物信息学方法检测金针菇基因组序列中的SSR序列，选取部分SSR序列进行引物开发，运用不同金针菇菌株进行SSR位点的筛选，最终筛选出13对多态性较高的SSR分子标记，上述SSR标记及对应引物的核苷酸序列如表1。

本发明还提供了所述的金针菇SSR分子标记和金针菇SSR引物在鉴别金针菇不同品种中的应用。