[发明专利]与黄瓜短果把紧密连锁的两个SNP标记及其应用

说明书

技术领域

本发明属于基因工程及分子生物学领域，涉及一种(两个)与黄瓜短果把基因紧密连锁的SNP标记。

背景技术

黄瓜是我国栽培面积最大、种植范围最广的主要蔬菜作物之一。随着生活水平的提高，消费者对黄瓜品质的要求日渐增长，黄瓜果把长短是重要的外观品质及食用品质，是引起消费者购买欲望的重要因素。国家先后出台了相关的规范性文件，规定出口专用黄瓜品种指标为：无刺或少刺，果实不含苦味素，果长12～15厘米，大小整齐，果实长度一致，标准差不大于长度的1/5，果面光滑，易于洗涤；果把短，口感清香，味甜；抗霜霉病、角斑病、白粉病、枯萎病等病害中三种以上病害；产量与国外同类品种相当，适于长季节栽培。果把的长短是黄瓜重要的品质性状，同时也是影响黄瓜商品性的重要性状之一。我们测定了12个黄瓜品种授粉后9天正常发育果实的果把和瓤腔果肉部分的总糖含量，发现有10个品种果把的总糖含量显著低于瓤腔果肉的总糖含量，显然，果把部位的品质不及瓤腔果肉部位的品质。

随着分子生物技术和遗传标记的应用和发展，分子标记辅助育种在加快育种进程、提高育种效率方面发挥着日益重要的作用，依据分子标记可以实现对基因型的直接选择。近年来，黄瓜遗传作图和基因定位方面的研究取得了显著进展，已经获得黄瓜苦味、早熟、果形、果重、糖含量、果皮颜色和果肉颜色等性状的连锁分子标记，但对于黄瓜短果把基因的定位研究相对薄弱，尚未有SNP标记用于黄瓜短果把性状辅助选择的报道。李效尊(2007)检测到7个黄瓜果把长度相关的QTL(fsl1.1、fsl1.2、fsl1.3、fsl2.1、fsl2.2、fsl3.1、fsl3.2)(所用标记：EST-SSR、SCAR)；王桂玲等(2008)检测到一个果把长度相关的QTL，该标记位于CSWGATT01B-Qchl1-CSWGATT01C标记之间，距离两侧标记的遗传距离分别为3.4cM和18.0cM(所用标记：SSR)；赵鹏(2011)检测到2个黄瓜果把长度相关的QTL(Qcl1、Qcl2)(所用标记：SRAP)。

发明内容

本发明提供了一种(两个)与黄瓜短果把QTL紧密连锁的SNP标记及提供用于扩增上述SNP标记的引物对。

本发明所述的两个与黄瓜短果把紧密连锁的SNP标记，是Chr4SNP-fs01和Chr4SNP-fs02，其中Chr4SNP-fs01位于黄瓜第4号染色体15,735,913处，Chr4SNP-fs02位于黄瓜第4号染色体16,650,897处。Chr4SNP-fs01处碱基为A的黄瓜为短果把，此处为G的黄瓜为长果把。Chr4SNP-fs02处碱基为G的黄瓜为短果把，此处为A的黄瓜为长果把。

本发明还提供了一组用于检测上述与黄瓜短果把基因相关的SNP标记的引物对，包括Chr4SNP-fs01的上游引物5′-GGGCATGTATCTCTCTACCATGATT-3′(SEQIDNO.1)，反向引物5′-TCCCAAAAGCAAGACAAG-3′(SEQIDNO.2)；Chr4SNP-fs02的正向引物5′-ACAAGTCAGTCGATCAAA-3′(SEQIDNO.3)，反向引物5′-TTTGCAAGCAAACATTTTTCTCTTT-3′(SEQIDNO.4)。

本发明还公开了所述的SNP及衍生的dCAPS引物在黄瓜短果把分子标记辅助育种中的应用。

本发明所述的应用，具体方法是：

1)提取待检测黄瓜基因组DNA；

2)以待检测黄瓜基因组DNA为模板，利用Chr4SNP-fs01的引物对和Chr4SNP-fs02的引物对，进行PCR扩增反应；

3)使用HindⅢ限制性内切酶酶切Chr4SNP-fs01引物对所扩增的PCR产物，使用MseI限制性内切酶酶切Chr4fs-pm02引物对所扩增的PCR产物酶切；

4)经上述酶酶切后电泳，如条带与Jin5-508一致(即不能被HindⅢ和MseI酶切，只有一个条带，条带大小分别为224bp和177bp)，则为长果把品系；如条带与D8一致(被HindⅢ酶切后的两条条带大小分别为221bp和3bp；被MseI酶切后的两条条带大小分别为175bp和2bp)，则为短果把品系。

本发明利用变异组学与群体遗传学的方法获得与黄瓜短果把紧密连锁的SNP标记，通过测序和转化为dCAPS标记的方法检测黄瓜基因型，根据基因型即可判断黄瓜果把长度差异性，从而加速黄瓜短果把品种选育进程。同时，这两个SNP标记也为黄瓜短果把基因的克隆奠定了基础。

附图说明