[发明专利]一种基于云计算的蒙特卡洛仿真加速方法及系统有效
申请号: | 201510885304.5 | 申请日: | 2015-12-05 |
公开(公告)号: | CN105335215B | 公开(公告)日: | 2019-02-05 |
发明(设计)人: | 刘仰川;高欣 | 申请(专利权)人: | 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 |
主分类号: | G06F9/455 | 分类号: | G06F9/455 |
代理公司: | 深圳市科进知识产权代理事务所(普通合伙) 44316 | 代理人: | 郝明琴 |
地址: | 215163 江苏*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 计算 蒙特卡洛 仿真 加速 方法 系统 | ||
1.一种基于云计算的蒙特卡洛仿真加速方法,包括以下步骤:
步骤a:在本地计算机上安装Hadoop和蒙特卡洛软件,并配置Hadoop运行在伪分布模式;
步骤b:在本地计算机上编写用于调用蒙特卡洛软件的MapReduce程序,并制作用于蒙特卡洛软件输入的仿真输入文本;
步骤c:在云端制作安装有Hadoop和蒙特卡洛软件的机器镜像,利用制作的机器镜像实例化一定数量的虚拟服务器,并配置云端所有虚拟服务器上的Hadoop运行在全分布模式,形成Hadoop集群;
步骤d:将本地MapReduce程序和仿真输入文本上传至虚拟服务器,并在云端Hadoop集群上运行MapReduce,进行蒙特卡洛仿真的分布式计算。
2.根据权利要求1所述的基于云计算的蒙特卡洛仿真加速方法,其特征在于,在所述步骤b中,所述编写MapReduce程序具体包括:
步骤b1:编写map程序,程序依次包括从标准输入读取仿真计算任务、调用蒙特卡洛软件进行仿真计算、将计算结果以键值对的形式写入标准输出;
步骤b2:编写reduce程序,程序依次包括从标准输入读取具有相同键的仿真计算结果、将计算结果进行合并、将合并的结果以键值对的形式写入标准输出;
步骤b3:编写Hadoop Streaming作业程序,程序包括map和reduce程序的输入输出流格式、Map和Reduce任务数、输入文本名称、输出路径、mapper和reducer文件名及上传文件路径。
3.根据权利要求2所述的基于云计算的蒙特卡洛仿真加速方法,其特征在于,在所述步骤b中,所述制作仿真输入文本具体包括:
步骤b4:如果蒙特卡洛软件的输入是随机数,就生成实际仿真所需随机数;如果输入是程序文件,就生成实际仿真所需程序文件;
步骤b5:根据要进行并行计算的规模,对随机数进行分组或对程序文件进行分解,每组随机数或每个子程序文件对应一个并行仿真;
步骤b6:将随机数或程序文件的路径按行写入一个文本,作为输入文件。
4.根据权利要求2所述的基于云计算的蒙特卡洛仿真加速方法,其特征在于,所述步骤b还包括:在本地计算机上运行Hadoop Streaming,调试MapReduce程序和验证仿真输入文本。
5.根据权利要求4所述的基于云计算的蒙特卡洛仿真加速方法,其特征在于,在所述步骤c中,所述配置云端所有虚拟服务器上的Hadoop运行在全分布模式具体包括:分别选择一个虚拟服务器作为Master和Secondary NameNode,其余虚拟服务器作为Worker;在本地计算机或云端任一虚拟服务器上,利用SSH通讯协议,依次依据虚拟服务器类型更改Hadoop配置文件,并将它们传输至相应的虚拟服务器上,替换原位置的配置文件;在Master虚拟服务器上进行Hadoop初始化操作,使Hadoop运行在全分布模式,形成Hadoop集群。
6.根据权利要求5所述的基于云计算的蒙特卡洛仿真加速方法,其特征在于,在所述步骤d中,所述在云端Hadoop集群上运行MapReduce,进行蒙特卡洛仿真的分布式计算具体为:运行Hadoop Streaming作业程序,MapReduce自动将map程序和reduce程序运行在不同的Worker虚拟服务器上,形成Map任务和Reduce任务;在Map任务中,map程序实现蒙特卡洛仿真任务的读取、仿真计算、中间结果输出;在Reduce任务中,reduce程序实现中间结果的读取、结果的合并及输出;通过Hadoop提供的监控页面对集群运行状态进行监控。
7.根据权利要求1至6任一项所述的基于云计算的蒙特卡洛仿真加速方法,其特征在于,所述步骤d还包括:仿真计算结束后,将云端仿真结果下载至本地计算机。
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