[发明专利]一种与梨黑斑病抗性相关的SNP标记及应用

说明书

本发明公开了一种用于鉴定砂梨品种黑斑病的SNP标记，属于果树分子遗传育种技术领域，包括如下步骤：1）提取待测梨基因组DNA；2）以待测梨的基因组DNA为模板，利用引物对进行PCR扩增反应；3）检测PCR扩增产物；经序列比对在S83.0_275630处碱基为鉴定砂梨品种黑斑病的高感品种或高抗品种的SNP标记；引物对为正向引物S83‑F,SEQ ID NO.1，反向引物S83‑R,SEQ ID NO.2。使用本方法筛选的鉴定砂梨品种抗黑斑病的SNP分子标记可以为砂梨抗黑斑病分子育种和抗黑斑病机理的研究奠定理论基础。

技术领域

本发明属于果树分子遗传育种技术领域，提供了一种鉴定砂梨品种抗黑斑病的SSR分子标记方法，可用于砂梨品种抗黑斑病早期鉴定和砂梨抗黑斑病育种，以提高砂梨抗病育种效率，适用于从事梨科研、育种及生产的科研单位和公司。

背景技术

梨黑斑病病原为半知菌亚门链格胞属的菊池链格胞（Alternaria kikuchianaTanaka）。病菌以分生孢子和菌丝体在被害枝梢、病叶、病果和落于地面的病残体上越冬。第二年春季产生分生孢子后借风雨传播，从气孔、皮孔和直接侵入寄主组织引起初侵染。初侵染发病后病菌可在田间引起再侵染。一般4月下旬开始发病，嫩叶极易受害。6～7月如遇多雨，更易流行。主要危害果实、叶片和新梢，常引起早期落叶和嫩梢枯死，致使裂果和早期落果，严重削弱树势。目前生产中主要采用化学药剂防治。使用化学药剂防治不仅浪费人力物力，污染环境，还使果实农药残留增加。

随着分子生物学技术的飞速发展，分子育种技术大大加快了抗病育种的进程，显著缩短了抗病新品系的选育周期。分子育种的前提是获得与目标性状密切相关的分子标记或功能基因。利用分子标记辅助选择目标性状，可提高选择效率，缩短育种周期。虽然黑斑病是重要的病害之一，然而对于抗黑斑病基因的定位研究相对薄弱。目前的报道主要集中于梨黑斑病的接种鉴定，尚未有SNP标记用于梨育种性状辅助选择的报道。

发明内容

本发明旨在提供一种与梨黑斑病抗性连锁的SNP标记及应用。

为了实现上述的目的，本发明采用以下技术措施：

一种与梨黑斑病抗性相关的SNP标记，其位于梨基因组S83.0_275630处碱基为T则为抗黑斑病，为C则为感黑斑病。

用于检测权利要求1所述与梨黑斑病抗性相关的SNP标记的引物对，正向引物S83-F, SEQ ID NO.1，反向引物S83-R, SEQ ID NO.2。

一种用于鉴定砂梨品种黑斑病的SNP标记的方法，包括如下步骤：

1）提取待测梨基因组DNA；

2）以待测梨的基因组DNA为模板，利用引物对进行PCR扩增反应；

3）检测PCR扩增产物；经序列比对在S83.0_275630处碱基为鉴定砂梨品种黑斑病的高感品种或高抗品种的SNP标记；

其中步骤2）中的PCR扩增体系总体积为20μl，包括10 ng/μl模板DNA 2μl， 2×EsTaq MasterMix 10μl，10 mM正反引物各2μl和 H₂O 4μl；

所述引物对为正向引物S83-F, SEQ ID NO.1，反向引物S83-R, SEQ ID NO.2；

PCR扩增程序为：94 ℃预变性3 min；94 ℃变性30 s，退火温度60 ℃持续45 s，72℃延伸60 s，35个循环；最后72 ℃延伸10 min；

上述碱基为T的基因型则为高感品种，该处碱基为C的基因型为高抗品种。

进一步地，上述的SNP标记在梨分子标记辅助育种中的应用。