[发明专利]用于中国明对虾遗传性别鉴定的DNA序列及其获取和应用

权利要求书

1.用于中国明对虾遗传性别鉴定的DNA序列，其特征在于：中国明对虾雌性个体基因组DNA中具有特征性的FcFseq序列，具有序列表SEQIDNO：1中核苷酸序列；中国明对虾雄性个体基因组DNA中具有特征性的FcMseq序列，具有序列表SEQIDNO：2中核苷酸序列。

2.按照权利要求1所述序列，其特征在于：所述的雌性个体DNA中具有的FcFseq序列为：

FcFseq：

TTTACTTGCCAATAAAGTAGCCGCGTTTTTGTTTTCATAGAGTAACACATGATGTGAAACATGTTTCTTGTTACATACTGTTTTACTTTCCTACGATG[C/T]AAGGTTCTTTCAAGTGTGATGTTGACAAAA[T/A]GGTTCTTTATACGGCGATGTCAGTGGCTAATTGAATGTGATAACTC[A/C]TTTGACTTTTTAA[A/C]AATACA[T/A]AGTCGCTCATTACCTATCACGGCGACAGAAGACGAAGGCGACGCTGAAATTTCCCTGTGCTCAAAGATCCTTGCGTTACCGTTAATGCCTGAGTGGAAACACCGTCTTTTGGGAATCTTTTTCATTTTCGATTTCTACCCTGATTTCGTTCCCTTTCT

雌性个体的DNA序列FcFseq的第99bp、130bp、177bp、191bp和198bp的五个碱基位点分别为CT杂合、TA杂合、AC杂合、AC杂合和TA杂合。

3.按照权利要求1所述序列，其特征在于：所述的雄性个体DNA中具有的FcMseq序列为：

FcMseq：

TTTACTTGCCAATAAAGTAGCCGCGTTTTTGTTTTCATAGAGTAACACATGATGTGAAACATGTTTCTTGTTACATACTGTTTTACTTTCCTACGATGTAAGGTTCTTTCAAGTGTGATGTTGACAAAAAGGTTCTTTATACGGCGATGTCAGTGGCTAATTGAATGTGATAACTCCTTTGACTTTTTAACAATACAAAGTCGCTCATTACCTATCACGGCGACAGAAGACGAAGGCGACGCTGAAATTTCCCTGTGCTCAAAGATCCTTGCGTTACCGTTAATGCCTGAGTGGAAACACCGTCTTTTGGGAATCTTTTTCATTTTCGATTTCTACCCTGATTTCGTTCCCTTTCT。

4.一种权利要求1-3任一所述序列的获取方法，其特征在于：

首先提取不同来源(所述不同来源包括野生、养殖)的中国明对虾雌性个体20尾(海捕野生对虾和养殖对虾各10尾)和中国明对虾雄性个体20尾(海捕野生对虾和养殖对虾各10尾)的基因组DNA，来源于雌性个体的等量DNA制作1个混池，来源于雄性个体的等量DNA制作1个混池，分别进行简化基因组建库和高通量测序，雌雄混池的DNA测序三次，雄性混池的DNA测序两次，测序量最大的一次数据进行拼接，获得的200bp以上的拼接序列作为参考序列，雌雄样本的测序数据分别通过BWA软件与拼接序列进行比对，采用GATK2软件的UnifiedGenotyper模块进行多个样本SNP检测，对获得的部分含有差异SNP位点的DNA序列在其他来源的个体中进行PCR验证和序列分析，最终获得能够区分中国明对虾遗传性别的DNA序列标签。

5.一种权利要求1-3任一所述序列标签的应用，其特征在于：所述序列标签可用于中国明对虾遗传性别鉴定；

雌性个体的DNA序列FcFseq和雄性个体的DNA序列FcMseq的性别差异位点为第99bp、130bp、177bp、191bp和198bp的五个碱基位点；在雌性个体的DNA中这些位点分别为CT杂合、TA杂合、AC杂合、AC杂合和TA杂合，而在雄性个体的DNA中对应的这些位点分别为T纯合、A纯合、C纯合、C纯合和A纯合。

6.按照权利要求5所述序列标签的应用，其特征在于：进行中国明对虾遗传性别鉴定的过程为，对虾个体提取DNA后，使用FcSDPF：TTTACTTGCCAATAAAGTAGCCGCG，FcSDPR：AGAAAGGGAACGAAATCAGGGTAG扩增上述FcFseq或FcMseq序列，获得的序列进行Sanger测序，测序峰图文件使用Bioedit软件读取上述序列第99bp、130bp、177bp、191bp和198bp的五个碱基位点；如果这些位点分别为CT杂合、TA杂合、AC杂合、AC杂合和TA杂合，则鉴定个体的性别为雌性；如果这些位点分别为T纯合、A纯合、C纯合、C纯合和A纯合，则鉴定个体的性别为雄性。