[发明专利]一种控制水稻籽粒厚度的基因及其功能标记

权利要求书

1.一种控制水稻籽粒厚度的基因,其特征在于：所述控制水稻籽粒厚度的基因与位于 第8染色体上控制粒宽的基因GW8等位，分为控制薄粒的等位基因qgt8与控制厚粒的等位基 因qGT8。

2.根据权利要求1所述的一种控制水稻籽粒厚度的基因,其特征在于：在所述qGT8基 因位点，控制薄粒的等位基因qgt8与控制厚粒的等位基因qGT8相比，在起始密码子ATG上游 2kb区段有7个差异位点，其中在-1102bp和-1103bp之间插入19个碱基 TAGAGAGAGTACTTGTTTA，在-1339bp和-1340bp之间插入2个碱基AA；在3个位点出现单碱基缺 失，即对应于-274bp缺失C，-1000bp缺失T和-1367bp缺失A；2个位点发生单碱基替换，即- 256bp位点G替换成T，-684bp位点T替换成C；在CDS有5个多态性位点，其中2个为同义突变， c.36位点T替换为C和c.1116位点G替换为A，分别位于第1和第3外显子；2个为错义突变， c.818位点A替换为C和c.1186位点G替换为A，均位于第3外显子；1个为插入突变，c.1006_ 1007位点插入2个碱基（CT），位于第3外显子的OsmiR156结合位点。

3.根据权利要求1所述的一种控制水稻籽粒厚度的基因,其特征在于：所述控制水稻 薄粒的等位基因qgt8的CDS序列如SEQ.ID.NO.1所示，控制水稻厚粒的等位基因qGT8的 CDS序列如SEQ.ID.NO.2所示。

4.根据权利要求1所述的一种控制水稻籽粒厚度的基因及其功能标记，其特征在于：利 用在线软件Softberry预测所述控制水稻薄粒的等位基因qgt8的氨基酸序列如SEQ.ID. NO.3所示，控制水稻厚粒的等位基因qGT8的氨基酸序列如SEQ.ID.NO.4所示。

5.根据权利要求1所述的一种控制水稻籽粒厚度的基因的功能标记，其特征在于：所述 控制薄粒的等位基因qgt8与控制厚粒的等位基因qGT8在CDS序列的c.1006_1007位点存在2 个碱基CT差异设计功能标记SG940，所述功能标记正反引物序列为：

F：5’-GTCGTCTAGCCCATCACCTT-3’，

R：5’-ACATCCCATTGTAGTTCATCTCA-3’。