[发明专利]一种浙江省地方猪种tagSNP鉴定方法

权利要求书

1.一种浙江省地方猪种tagSNP鉴定方法，所述方法包括：

(1)提取样本基因组DNA；

(2)根据特异性SNP座位所在染色体和位置信息设计扩增引物，依次分别进行PCR扩增，扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳：

各猪种特异性SNP座位如下：

碧湖猪特异性SNP座位：

序号	所在染色体	所在位置	参考基因组	突变位点
1	chr1	162145327	G	T
2	chr15	151642291	T	C
3	chr5	7987665	G	A
4	chr5	7987678	G	A
5	chr5	11991156	G	A

淳安花猪特异性SNP座位：

序号	所在染色体	所在位置	参考基因组	突变位点
1	chr11	3969970	C	T
2	chr14	68345209	A	G
3	chr14	135018196	A	T
4	chr8	2228395	C	T

岔路黑猪特异性SNP座位：

序号	所在染色体	所在位置	参考基因组	突变位点
1	chr18	50634190	C	G
2	chr18	57736749	C	T
3	chr3	74403769	G	A
4	chr4	76217102	G	A
5	chr6	37444222	C	T

金华两头乌特异性SNP座位：

序号	所在染色体	所在位置	参考基因组	突变位点
1	chr12	57635960	G	A
2	chr13	94944468	G	A
3	chr17	34662047	C	T
4	chr18	53715725	G	A
5	chr7	13107153	C	T

嘉兴黑猪特异性SNP座位：

序号	所在染色体	所在位置	参考基因组	突变位点
1	chr11	5214978	C	T
2	chr11	22873017	T	A
3	chr13	6763069	G	C
4	chr2	4585814	G	A
5	chr2	31124306	A	G

兰溪花猪特异性SNP座位：

序号	所在染色体	所在位置	参考基因组	突变位点
1	chr13	88462451	C	A
2	chr13	201999446	C	T
3	chr16	56032490	C	T
4	chr17	61813810	C	T
5	chr6	21197790	T	C

嵊县花猪特异性SNP座位：

序号	所在染色体	所在位置	参考基因组	突变位点
1	chr10	61186504	C	T
2	chr12	61412548	T	C
3	chr13	213292913	C	A
4	chr14	23522515	C	G
5	chr14	130678090	T	G

(3)结果判断：按照顺序从上往下依次进行PCR检验，只要有1个座位检测到与表中SNP座位相符，即可鉴定为具有该SNP特异座位的猪品种，即可终止检测。