[发明专利]用于HPV‑相关病症的新方法、生物试验和生物标记物

说明书

相关申请的交叉引用

本申请要求2014年4月28日提交的美国临时专利申请61/985,357的优先权，通过引用将该申请全文纳入本文。

政府权利的声明

本发明在国立癌症研究院授予的基金号U01 CA117374下由政府资助完成。政府对本发明拥有某些权利。

技术领域

本文公开的实施方式涉及患者样品中HPV检测的方法和材料，并且更具体地涉及用于HPV-相关病症的诊断、监测、预测和预后用途的试验和生物标记物。

背景技术

检测体液免疫应答对于感染性疾病和自身免疫的诊断和预后而言是必要的，并且可也提供用于检测癌症等病症的生物标记物。已经开发了多种蛋白组学多重化免疫试验来促进对这些抗体的检测。具体地，基于载片的试验是用于抗体检测的出色发现工具，但是需要一般常规免疫学实验室中不常见的专门高通量设备。

人乳头瘤病毒(HPV)是最常见的性获得感染，估计多达75％的性生活活跃的人在其一生中的某些时间被感染。HPV的生殖器感染通常在首次性行为后不久获得，并且在青少年和年轻成年人中流行率最高。在大多数病例中，感染是暂时并且无症状的，并且流行率一般随着年龄逐渐降低。顽固的生殖器感染更可能与感染后许多年(一般数十年)出现的侵入性癌症、肿瘤进展相关。

已经清楚HPV 16和18的感染与口咽癌、宫颈癌、肛门癌或其他恶性肿瘤相关。事实上，已经确定西方世界中大多数OPC与HPV感染相关并且数量在上升。

目前，还没有针对HPV-相关病症(如OPC)的免疫情况的检测或监测的筛选和相关方法。

发明概述

本文公开的实施方式涉及快速检测患者样品中HPV类型，如HPV 16和HPV 18-特异性抗体的方法。患有头颈癌的患者具有针对衍生自HPV的多种早期基因的可检测抗体。此外，可在各种实施方式中单独或组合采用这些抗体作为生物标记物，针对HPV-相关病症、恶性肿瘤和癌前状态，用于诊断和预后，并且用于评价治疗和癌症复发预测的方法。

由于需要可用作HPV-相关病症，包括头颈癌的诊断和预后检测剂的一种或多种生物标记物，本文公开了用于筛选具有HPV癌症风险的患者，并用于早期检测、复发、预测和预后的改善的HPV蛋白质产生方法和生物标记物。一些实施方式涉及另采用ELISA(酶联免疫吸附试验)的快速可编程珠试验的构建。

除非另外定义，否则，本文中所使用的所有技术和科学术语都具有本发明所属领域普通技术人员通常所理解的同样含义。材料、方法和实施例都仅是说明性的，并不意在构成限制。本文中述及的所有出版物、专利申请、专利、序列、数据库条目和其他参考文献都通过引用全文纳入本文。

从下文的详述和附图，以及所附权利要求中能够很容易地了解本发明的其他特征和优点。

附图说明

图1.HPV-相关OPC的患者中多种HPV16抗体的特异性检测。HPV16蛋白表达为GST-融合蛋白并且在抗-GST包被平板上捕获。显示了在HPV-相关OPC血清(n＝256)和对照(n＝250)中检测到的IgG的RLU比率(HPV抗原的RLU/GST-对照的RLU)。

图2.接受者操作特性曲线显示(A)2-Ab生物标记物组(E6，E7)和(B)7-Ab生物标记物组(E1，NE2，CE2，E4，E5，E6，E7)对HPV-阳性肿瘤(n＝111)和对照(n＝250)病例中OPC癌症的早期诊断的比较性能。实线：训练组。虚线：验证组。该组的最优操作点为90％，特异度为98％(AUC＝0.94)。

图3.HPV-相关OPC的患者中多种HPV16抗体的特异性检测。HPV16蛋白表达为GST-融合蛋白并且在磁珠上捕获。显示了在HPV-相关OPC血清中检测到的IgG的MFI比率(HPV抗原的MFI/GST-对照的MFI)。检测HPV-相关OPC患者与对照相比的针对E1、CE2、NE2、E4、E6、E7、和L2的HPV16-特异性抗体。

图4.检测来自136个HPV-OPC病例、48个参与者、和81个健康志愿者的基线血清中的HPV16E6和E7抗体。显示了血清中检测到的针对特异性HPV蛋白质/对照GST蛋白质的IgG的RLU比率。各组中的黑线表示该组中的中值。各组的虚线表示在健康志愿者平均值以上3个标准偏差(阳性截止值)。在x-轴上的各组之下列出了被认为血清阳性的各组的比例。