[发明专利]用于确定患有BRAF‑阳性癌症的患者为BRAF抑制剂非响应者且为MAPK/ERK抑制剂响应者的工具和方法

说明书

本发明涉及诊断学领域，特别是癌症诊断。更具体地，本发明涉及用于确定患有BRAF-阳性癌症的对象是否为BRAF抑制剂的非响应者，和/或MAPK/ERK抑制剂的响应者，用于诊断癌症的方法，用于评估对象对靶向疗法的响应性的方法，以及用于评估对象的癌症的方法。此外，本发明还涉及用于诊断癌症的试剂盒和设备。进一步地，本发明涉及MAPK/ERK抑制剂，其用于治疗患有BRAF-阳性癌症的对象。

用于晚期疾病的黑素瘤疗法在最近几年取得了巨大的进展^1-3，但一些患者对靶向疗法原生内在抗性，以及在大多数其他患者中的延迟获得性抗性的发作，仍构成转移性黑素瘤的临床管理的主要挑战 ⁴。

然而，下一代测序(NGS)技术的出现允许解决常规疗法如何影响患者体内遗传变异的异质情形，以及确定治疗抗性的来源的问题。除了阐明癌症进展的新机制，NGS应用还提供了用于随时间的克隆多样性变化的量化和建模的大型数据集。在一些癌症中，整体遗传多样性量度已显示预示肿瘤进展 ⁵。

特别地，转移性黑素瘤具有任何癌症中最高的突变率之一 ⁶。一些研究已经确定基因组特征，例如在原位瘤和转移瘤之间不同的异质性损失，其他研究已显示这种遗传异质性也存在于单个肿瘤内。

在治疗抗性背景下，现已在大量患者群之间证实了对靶向治疗响应的很多遗传和转录机制，但对系统治疗的个体癌症基因组进化仍了解不足^9,10。已显示少数亚克隆展示出对疗法的敏感性降低 ⁷，并且更近期的研究已揭示接受靶向BRAF抑制剂的患者具有不同的抗性机制，其源自这种潜在的肿瘤内分子异质性。

通常可以区分两种不同的治疗抗性机制：内在(原生)的和获得(次生)的。内在抗性肿瘤或者一开始就不响应或者包含抗性亚克隆，其在治疗期间被快速地选择，导致不能减小肿瘤负荷和快速复发。获得性抗性机制在治疗期间产生，并且可包括MAPK途径的基因中的其他活化突变的选择和发生 ^10,24,25或MAPK抑制剂中的失活突变 ²⁶。另外，还报道了BRAF转录物的可变剪接和其他非遗传机制在治疗抗性中发挥作用 ²⁷。尽管有大量研究涉及这个问题，但已知抗性机制的列表远远没有完成，并且在很多个体病例中，抗性的机制还是未知的。

活化BRAF或NRAS突变常见于人黑素瘤中。尽管BRAF和NRAS活化突变可共存于相同的黑素瘤中，但认为在单细胞水平上它们是相互排斥的 ⁴⁵。此外，NRAS突变或BRAF突变的存在与明显的体外和体内生长性质相关，并可直接影响突变黑素瘤的临床管理 ⁴⁵。

根据上述肿瘤抗性机制，非常期望表征用于适合的治疗干预的癌症，并且特别是关于其响应BRAF抑制剂治疗的能力。

可见，本发明的主要技术问题是提供遵照上述需求的工具和方法。所述技术问题通过权利要求书和下文中表征的实施方式解决。

因此，本发明涉及用于确定患有BRAF-阳性癌症的对象是否为BRAF抑制剂非响应者和/或为MAPK/ERK抑制剂响应者的方法，所述方法包括以下步骤：

(a)测定所述对象的样品中是否至少在NRAS基因中存在至少一个突变；和

(b) 如果已测定出在NRAS基因中的所述至少一个突变，则将所述对象确定为BRAF抑制剂非响应者和MAPK/ERK抑制剂响应者。

本发明的方法优选为离体方法。此外，其可包括上文明确提及的那些之外的步骤。例如，进一步的步骤可涉及样品预处理或对所述方法获得的结果的评价。所述方法可以手工或由自动操作辅助进行。优选地，步骤(a)和/或(b)可以完全或部分地由自动操作辅助，例如，通过用于步骤(a)的测定的适合的机器人和传感设备，和/或用于步骤(b)中的确定的在数据处理设备上的计算机实现的计算算法。