[发明专利]用于使用基因表达数据去卷积混合细胞群的方法

权利要求书

1.用于法医生物样品鉴定的方法，包括：

获取用于分析的至少一种生物样品；

从生物样品提取总RNA；

在至少一个测定中将所述总RNA与至少一个探针杂交；和

使用多路代码集分析所述至少一个测定，其中分析包括：

测定一组基因以在样品中定量；

通过产生基因集中的每一基因的基因表达对数函数建模基因集中每一基因的基因表达；

基于基因集中每一基因的建模基因表达产生所述生物样品中生物物质的量的最大似然估计。

2.权利要求1的方法，其中所述生物样品为组织样品。

3.权利要求1的方法，其中所述物质为至少一种皮肤、静脉血、阴道分泌物、唾液、月经血、精液和生物颗粒。

4.权利要求1的方法，其中所述生物样品可包含至少两种生物物质。

5.权利要求1的方法，其中所述总RNA使用至少一种直接裂解并纯化和直接裂解不纯化从所述生物样品提取。

6.权利要求5的方法，其中从所述生物样品提取所述总RNA包括在75℃裂解所述生物样品约5分钟。

7.权利要求1的方法，其中所述至少一个探针包括至少报告探针和捕获探针。

8.权利要求1的方法，其中所述多路代码集指定用于靶向所述基因集的探针对。

9.权利要求1的方法，其中所述多路代码集包括至少一种：

静脉血基因ALAS2、ALOX5AP、AM1CA1、ANK1、AQP9、ARHGAP26、C1QR1、C5R1、CASP2、CD3G、GYPA、HBA、HBB、HMBS (PBGD)、MNDA、NCFS2和SPTB；

月经血基因LEFTY2、MMP7、MMP10和MMP11；

唾液基因HTN3、MUC7、变形链球菌16S、变形链球菌proC、变形链球菌relA、变形链球菌rplA、变形链球菌rpoB、变形链球菌rpoS、唾液链球菌16S、唾液链球菌proC、唾液链球菌relA、唾液链球菌rplA、唾液链球菌rpoB、唾液链球菌rpoS、SMR3B和STATH；

精液基因IZUMO1、MSP、PSA (KLK3)、PRM1、PRM2、SEMG1、SEMG2和TGM4；

皮肤基因CCL27、IL1F7、KRT9、LCE1C和LCE2D；

阴道分泌物基因CYP2A7、CYP2B7P1、DKK4、FUT6、IL19、MYOZ1和NOXO1；和

参考基因B2M、COX1、HPRT1、PGK1、PPIH、S15、TCEA1、TFRC、UBC和UBE2D2。

10.权利要求1的方法，其中所述多路代码集包括至少一个阳性对照探针和阴性对照探针。

11.权利要求10的方法，其中所述阴性对照探针用于评估所述分析中的背景噪声。

12.权利要求1的方法，其中所述基因表达对数函数使用下列函数建模：

log(y_i) ~ N(log(Xβ_i),σ²I)，

其中y_i为所述生物样品的基因表达谱，N为基因集的量，X为代表多个生物物质中多个基因的预期比例的矩阵，β_i为代表所述生物物质i中所有生物物质的量的向量，σ²为在多个基因中所有基因的对数尺度上的公共方差，I为单位矩阵。

13.权利要求1的方法，其中最大似然估计使用下列函数产生：

。