[发明专利]用于鉴定多种癌症类型和亚型的糖基转移酶基因表达谱

权利要求书

1.选自表1中所列的糖基转移酶基因的糖基转移酶基因多核苷酸序列或其片段在制造用于从由六种癌症类型组成的组中体外鉴定来自受试者的试样中的癌症类型的试剂中的用途，所述六种癌症类型选自乳腺浸润性癌、卵巢浆液性囊腺癌、结肠腺癌、肺鳞状细胞癌、多形性成胶质细胞瘤和肾透明细胞癌，其包括以下步骤：

(a)由来自所述受试者的所述试样中的表1中所列的那些组成的210种糖基转移酶基因多核苷酸序列的集合获得糖基转移酶基因表达谱；

(b)计算所述试样的所述糖基转移酶基因表达谱与来自所述六种癌症类型的糖基转移酶基因表达质心的参考集的距离；和

(c)将所述试样分配为一种癌症类型，其中将所述癌症类型鉴定为对应于与来自所述试样的所述糖基转移酶基因表达谱相比所述六种癌症类型糖基转移酶基因表达质心的最近的糖基转移酶基因质心参考集的癌症类型。

2.根据权利要求1所述的用途，其包括以下步骤：

(a)获得来自具有所述六种癌症类型的每种的受试者的癌症样品的训练集中每一份的糖基转移酶基因表达谱，其中所述糖基转移酶基因选自表1中所列的210种糖基转移酶基因；

(b)使用监督算法构建所述训练集中所述六种癌症类型的每种的基因表达质心；

(c)由来自所述受试者的试样中的糖基转移酶基因集合获得糖基转移酶基因表达谱，其中所述糖基转移酶基因选自表1中所列的210种糖基转移酶基因；

(d)计算所述试样的所述糖基转移酶基因表达谱与来自所述六种癌症类型的所述训练集的每个糖基转移酶基因表达质心的距离；和

(e)将所述试样分配为一种癌症类型，其中所述癌症类型鉴定为对应于与来自所述试样的所述糖基转移酶基因表达谱相比所述六种癌症类型的最近的训练集糖基转移酶基因质心的类型。

3.根据权利要求1所述的用途，其中所述癌症类型的参考集或训练集或两者由选自以下的癌症类型组成：乳腺浸润性癌、卵巢浆液性囊腺癌、结肠腺癌、肺鳞状细胞癌、多形性成胶质细胞瘤和肾透明细胞癌。

4.根据权利要求1所述的用途，其中所述用途还包括对具有所述六种癌症类型之一的测试受试者中癌症的亚型分类的步骤，其中所述亚型分类包括以下步骤：

(a)由来自所述测试受试者的试样中的糖基转移酶基因集合获得糖基转移酶基因表达谱，其中所述糖基转移酶基因选自表1中所列的所述210种糖基转移酶基因；

(b)提供来自与所述受试者的癌症类型对应的所述癌症类型的亚型的糖基转移酶基因表达谱参考集，其中所述糖基转移酶基因选自表1中所列的210种糖基转移酶基因；

(c)对所述测试受试者糖基转移酶基因表达谱和所述糖基转移酶基因表达谱参考集进行无监督聚类分析；以及

(d)通过将测试糖基转移酶基因表达谱分成对应于亚型的最近参考糖基转移酶基因表达谱的一个或多个亚型，将测试受试者亚型分类。

5.根据权利要求4所述的用途，其中所述用途还包括对具有所述六种癌症类型之一的测试受试者中的所述癌症的所述亚型分类的步骤，其中所述亚型分类可选地包括以下步骤：

(a)获得来自所述测试受试者的试样中的糖基转移酶基因集合的糖基转移酶基因表达谱，其中所述糖基转移酶基因选自表1中所列的210种糖基转移酶基因；

(b)使用监督算法构建来自与所述受试者的所述癌症类型对应的所述癌症类型的亚型的参考糖基转移酶基因表达质心的集合，其中所述糖基转移酶基因选自表1中所列的210种糖基转移酶基因；

(c)计算所述试样的所述糖基转移酶基因表达谱与来自与所述受试者的所述癌症对应的所述癌症的所述亚型的所述参考糖基转移酶基因表达质心的距离；和

(d)将所述试样分配为一种癌症亚型，其中所述癌症亚型鉴定为对应于与来自所述试样的所述糖基转移酶基因表达谱相比所述最近的参考集糖基转移酶基因质心的亚型。