[发明专利]用于检测耐药性结核分枝杆菌的组合物和方法

权利要求书

1.多组rpoB、inhA和katG引物和多种可检测的rpoB、inhA和katG探针在制造试剂盒中的用途，所述试剂盒用于通过以下方法检测样品中对利福平耐受的结核分枝杆菌(MTB-RIF)和/或对异烟肼耐受的结核分枝杆菌(MTB-INH)，所述方法包括多重实时聚合酶链式反应测定，其包括：

- 进行扩增步骤，其包括使所述样品与至少一组rpoB引物、一组inhA引物和一组katG引物接触，从而，如果所述样品中存在任何rpoB、inhA和katG靶核酸，则产生一种或多种扩增产物；

- 进行杂交步骤，其包括使所述一种或多种扩增产物与多种可检测的rpoB探针、多种可检测的inhA探针和多种可检测的katG探针接触，所述探针至少包括：

- 17种rpoB探针，其用于检测赋予结核分枝杆菌(MTB)利福平抗性的17种单核苷酸多态性SNP；

- 3种inhA探针，其用于检测赋予MTB异烟肼抗性的3种SNP；和

- 4种katG探针，其用于检测赋予MTB异烟肼抗性的4种SNP；以及

- 检测是否存在所述一种或多种扩增产物，其中存在所述一种或多种扩增产物表明所述样品中存在MTB-RIF和/或MTB-INH，并且其中不存在所述一种或多种扩增产物表明所述样品中不存在MTB-RIF和/或MTB-INH；

其中所述多种rpoB探针包括用于检测赋予MTB利福平抗性的17种SNP中的每一种的水解探针，所述SNP包括：rpoB 531L、rpoB 531W、rpoB 526L、rpoB 526Y、rpoB 526D、rpoB526N、rpoB 513L、rpoB 513K、rpoB 513P、rpoB 522L、rpoB 522Q、rpoB 522W、rpoB 516V、rpoB 516Y、rpoB 533P、rpoB 511P和rpoB 526R；

其中所述多种inhA探针包括用于检测赋予MTB异烟肼抗性的3种SNP中的每一种的水解探针，所述SNP包括：inhA-15T、inhA-8A和inhA-8C；并且

其中所述多种katG探针包括用于检测赋予MTB异烟肼抗性的4种SNP中的每一种的水解探针，所述SNP包括：katG 315I、katG 315N、katG 315T和katG 315T2，并且其中：

- 所述rpoB探针由SEQ ID NO: 52、55、58、84、99、108、121、142、155、162、180、196、199、238、240、280和437-438的核酸序列或其互补物组成；

- 所述inhA探针由SEQ ID NO: 363、374和436的核酸序列或其互补物组成；并且

- 所述katG探针由SEQ ID NO: 297、335和434-435的核酸序列或其互补物组成。