[发明专利]用于基底上的单分子放置的组合物和方法

权利要求书

1.将单一靶分子置于基底的特征上的方法，所述基底包含由缺少靶多核苷酸的间隙区域分开的多个特征，所述方法包括：

a.杂交固定化到基底上的特征的多个第一和第二捕捉引物与至少一个双链靶多核苷酸，所述双链靶多核苷酸包含侧翼有与所述第一和第二捕捉引物互补的第一和第二捕捉引物结合区的靶区域，其中所述双链靶多核苷酸的第二链与靶分子连接，且其中所述双链靶多核苷酸的第一链的第一捕捉引物结合区与所述第一捕捉引物相同，其中所述双链靶多核苷酸的第一链的第二捕捉引物结合区与所述第二捕捉引物是100％互补的，且其中所述双链靶多核苷酸的第二链的第一捕捉引物结合区与所述第一捕捉引物是100％互补的，所述双链靶多核苷酸的第二链的第二捕捉引物结合区含有与所述第二捕捉引物的至少一个核苷酸差异，使得所述双链靶多核苷酸中的所述第二捕捉引物结合区含有碱基对错配，和

b.以平均扩增速率扩增所述至少一个靶多核苷酸以产生与所述靶多核苷酸互补的多个克隆扩增子，所述平均扩增速率超过靶多核苷酸至特征的平均转运速率，其中所述扩增包括等温扩增且其中所述靶分子包含多肽或抗原。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述碱基对错配是1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个碱基对错配。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个特征中的每个包含单一靶分子。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含一种或多种选自RNA、DNA和PNA的多核苷酸。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含少于1,000个核苷酸。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶分子包括多肽。

7.根据权利要求6所述的方法，其中所述多肽选自纳米孔、结合多肽和酶。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述纳米孔选自MspA、OmpF、OmpG、NalP、WZA、ClyA毒素、α-溶血素、炭疽毒素、杀白细胞素、离子通道、蛋白质纳米孔和DNA折纸纳米孔，或者所述结合多肽选自：抗体、Fab、Fab'、F(ab')₂、scFv、T细胞受体、小菌素、神经肽、G蛋白偶联受体、表皮生长因子受体和HER2，或者所述酶选自：重组酶、聚合酶、解旋酶、转座酶、连接酶、脱氨酶、氧化酶和激酶。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述基底包含一种或多种选自玻璃、硅和塑料的材料。

10.根据权利要求1所述的方法，其中所述特征包括珠、孔、通道、脊、突起或其组合。

11.根据权利要求1所述的方法，其中所述抗原是半抗原。

12.根据权利要求2所述的方法，其中所述碱基对错配是三碱基对错配。

13.根据权利要求3所述的方法，其中所述特征中的两个或更多个包含不同的单一靶分子。

14.根据权利要求3所述的方法，其中用所述多个克隆扩增子填满所述特征。

15.根据权利要求4所述的方法，其中所述靶多核苷酸包括双链DNA dsDNA。

16.根据权利要求5所述的方法，其中所述靶多核苷酸的长度包括10至25、26至50、51至100、101至200、201至300、301至400、401至500、501至600、601至700、701至800、801至900、或901至1000个碱基对。

17.根据权利要求10所述的方法，其中所述孔是微米孔或纳米孔。