[发明专利]用于病毒感染的鉴定和区分的系统和方法

权利要求书

1.一种获得用于区分2种非特定的病原体的引物集的方法，所述的非特定的病原体的每一种均属于不同的病毒科，并且其中各个病毒科包含多种不同的病毒物种和血清型，所述的方法包括：

对于多种病毒物种的基因组和各个不同的病毒科的血清型而言，进行各个多重序列比对，从而产生对于各个所述的不同的病毒科的比对结果；

在各个比对结合中鉴定各个共有序列，该共有序列具有：

(i)高于最低阈值的同源性，

(ii)高于最低阈值的长度，以及

(iii)高于最低阈值的熔融温度；

对于所述的不同的病毒科，将所鉴定的共有序列收集至各个调节的比对结果中；

对于所述的各个调节的比对结果，消除与人类和人类宿主序列具有最低同源性的序列，由此形成各个病毒特异性比对结果；

对所述的病毒特异性比对结果进行差集分析，由此获得所述的非特定病原体的共有序列的各个集；以及

由所述的共有序列的各个集选择引物序列。

2.权利要求1所述的方法，其中所述的多重序列比对是使用Clustal X、Clustal W或Clustal Omega实施的。

3.权利要求1所述的方法，其中所述的同源性的最低阈值为至少97％。

4.权利要求1所述的方法，其中所述的同源性的最低阈值为100％。

5.权利要求1所述的方法，其中所述的长度的最低阈值为至少15个碱基。

6.权利要求1所述的方法，其中所述的长度的最低阈值为至少25个碱基。

7.权利要求1所述的方法，其中所述的熔融温度的最低阈值为至少60℃。

8.权利要求1所述的方法，其中所述的熔融温度的最低阈值为至少65℃。

9.权利要求1所述的方法，其中所述的长度的最低阈值为至少20个碱基，所述的同源性的最低阈值为至少97％，并且所述的熔融温度的最低阈值为至少60℃。

10.权利要求1所述的方法，其中在所述的共有序列中，所述的同源性是通过碱基-识别增加来测定的。

11.权利要求1所述的方法，其中所述的共有序列的长度是可变的，并且在所述的最低阈值之上选择，从而得到所述的所需的熔融温度。

12.权利要求1所述的方法，其中实施所述的选择引物序列的步骤，使得用于所述的不同科的扩增子的长度差异为至少100个碱基。

13.权利要求1所述的方法，其中所述的消除步骤是使用BlastN实施的。

14.权利要求1所述的方法，其中所述的与人类和人类宿主序列的最低同源性为至少90％。

15.权利要求1所述的方法，其中所述的人类宿主序列为已知或疑似存在于所述的人类中的病毒序列。

16.权利要求1所述的方法，其中所述的差集分析是使用Set Difference和Set Union运算实施的。

17.权利要求1所述的方法，其中选择所述的引物序列，从而产生长度为100至800个碱基的扩增子。

18.权利要求1所述的方法，其中所述的非特定的病毒属于2种不同的系统发育级别。

19.权利要求1所述的方法，其进一步包括测定引物序列的步骤，从而由病毒RNA产生cDNA。

20.权利要求1所述的方法，其种所述的引物集包含用于各个所述的非特定的病原体的1至5个引物对。