[发明专利]单核苷酸多态性检测用寡核苷酸探针及单核苷酸多态性检测方法

说明书

本发明涉及一种针对存在单核苷酸多态性的靶核酸使用的单核苷酸多态性检测用寡核苷酸探针，其包含报告区域、锚固区域和接头区域。报告区域具有由在单核苷酸多态性的核苷酸为第一核苷酸时完全匹配、在为除第一核苷酸以外时不匹配的碱基序列构成的寡核苷酸、和报告区域与靶核酸杂交时发生消光的荧光色素。

技术领域

本发明涉及单核苷酸多态性检测用寡核苷酸探针及单核苷酸多态性检测方法。

背景技术

在哺乳类等多细胞生物或者细菌、病毒等生物的基因水平中，以一定频率可见的核酸在碱基序列上的一些差异被称为基因变异。核酸在碱基序列上的差异是因替换、插入、缺失或者重组而发生的。其在碱基序列上的差异中，特别地将某些群体内以1％以上的频率存在的变异称为基因多态性。

基因多态性中，特别地将因碱基序列上的单碱基替换引起的多态性称为单核苷酸多态性(以下有时也省略地记为“SNP：Single Nucleotide Polymorphism”)。SNP因在人基因组中可见的变异中出现频率最高而受到关注。即，这是因为期待有可能通过收集与基因多态性的位置和变动有关的信息，将个体基因与具有通常表现型的野生型基因进行比较，对多态性的有无与表现型之间的关联性进行分析，从而获得大量信息。

另外，由于基因多态性以一定的频率在群体中广泛存在，因此并不是完全不伴随性状变化的基因多态性、或者特别是对生存(生殖)不利的性状、换言之控制可称为遗传特征的性状的基因多态性受到关注。例如，已知罹患糖尿病、高血压、肥胖等生活习惯病、风湿病、过敏症等免疫疾病、或者癌症等疾病的难易性由多态性控制。此外认为，药剂代谢(药物发挥药效的方式)及人白细胞组织适合型抗原等也由多态性支配。另外，认为不限于人、细菌的几种耐药性也由特定的基因中的SNP决定。因此期待SNP分析对于根据个体基因的类型给予最适药剂的定制医疗、及近年成为问题的多药耐性病原菌的鉴定是有用的。

到目前为止开发了各种SNP的检测方法及检测探针。作为检测方法，可列举出例如荧光标记探针法。该方法为根据荧光标记探针与作为靶的核酸在完全匹配或不匹配时的杂交效率之差，判断作为靶的核酸的碱基序列中是否存在SNP的方法。因此，探针越短、SNP的检测灵敏度越上升，但过短时，与作为靶的碱基序列的结合力降低、存在变得无法杂交的问题。为了解决这样的问题，到目前为止开发了包含用于检测SNP的区域、用于识别SNP附近的碱基序列的区域、和用于将这两个区域连接的区域的荧光标记探针(专利文献1及2)。

专利文献1公开了一种寡核苷酸，其包含：(a)与靶核酸的核酸残基的第一序列互补的核酸区域及(b)包含至少1个交联区及至少1个结合区的可变区，其中，在该区域(a)与该靶核酸的核酸残基的该第一序列形成稳定的双链的条件下，该可变区可区分出：(i)与该结合区互补的该靶核酸的核酸残基的第二序列和(ii)包含与该结合区不互补的至少1个核酸残基的该靶核酸的核酸残基的第二序列。另外，专利文献1中记载了，交联区包含通用碱基或者非氢键的天然碱基或它们的类似物、或者通用碱基及非氢键的天然碱基或它们的类似物的混合物。

专利文献2中公开了一种探针，其是进行了可检测标记的探针，当该探针包含锚固核酸区及报告基因核酸区，并且锚固与报告区通过非核苷接头连接，在靶核酸不存在时锚固及报告区均不形成茎环，并且(i)所述探针不会在聚合酶作用下延伸、(ii)所述接头在锚固区的3’末端的2个核苷酸内与锚固区结合、且在报告区的5’末端的2个核苷酸内与报告区结合、锚固区不与可检测的标记结合。

现有技术文献

专利文献

专利文献1：日本特表2006-525027号公报

专利文献2：日本特表2013-501508号公报

发明内容

发明所要解决的课题