[发明专利]使用源自细菌的纳米囊泡鉴定细菌感染性疾病的致病菌的方法

说明书

本发明涉及通过分析包含在纳米囊泡中的基因来预测包含源自细菌的纳米尺寸细胞外囊泡(即纳米囊泡)的临床样品中严重细菌感染性疾病的致病因子(细菌)的方法。根据本发明，可以提供关于严重细菌感染的细菌的信息，可以预测细菌感染的致病因子，并且可以预测细菌对抗生素的耐药性。

技术领域

本发明涉及通过分析包含在纳米囊泡中的基因来鉴定包含源自细菌的纳米尺寸细胞外囊泡(即纳米囊泡)的临床样品中导致细菌感染性疾病的致病因子(细菌)并同时预测细菌对抗生素的耐药性的方法。

背景技术

严重细菌感染性疾病是以细菌引起的感染性疾病中表现严重的细菌感染为特征的疾病，例如肺炎、感染性心内膜炎、骨髓炎、骨关节炎、脑膜炎、败血症等，而且它们的发病率随着近期人口老龄化导致目标患者群体的增加和滥用抗生素导致多重耐药性细菌的扩散而迅速增加。如本领域已知的，导致严重细菌感染性疾病的多重耐药性细菌包括肠球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯氏菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、肠杆菌。

据报道，多重耐药性细菌引起的严重感染一般以医院感染的形式出现，而且严重感染引起的死亡率较高，即在肺炎和败血症的情况下，死亡率分别为5.4％和29％。此外，最近的调查显示，患者感染严重的细菌感染时，患者应长时间留院，花在治疗上的投资回报率低，并且在韩国由多重耐药性细菌感染导致的疾病的年度费用至少有1万亿韩元。此外，已报道，当地社区近来出现多重耐药性细菌以及多重耐药性细菌引起的医院感染，因此预计今后将成为全国卫生服务的重大问题。

在这方面，用于诊断严重细菌感染性疾病的方法包括生物化学方法，例如通过在诸如血液之类的临床样品上进行体外细菌培养来鉴定细菌的方法。然而，上述基于细菌基因组学(宏基因组学)的分析结果的方法的缺点在于可能仅鉴定全部细菌的1％，并且需要至少5天的时间来进行细菌培养。迄今为止，已经基于临床经验使用抗生素，而没有关于细菌的信息。

同时，据报道，诸如细菌细胞之类的原核细胞和诸如宿主细胞(例如人细胞)之类的真核细胞分泌囊泡到细胞外空间，并且所分泌的囊泡执行各种功能。由细菌分泌的细胞外囊泡含有内毒素(脂多糖；LPS)和源自细菌的蛋白质和基因，其大小为20至100nm，因此通常被称为纳米囊泡。据报道，细胞外囊泡被发现于各种人或动物分泌物、排泄物或组织洗涤物中，并且已知存在于组织中的细胞外囊泡反映了分泌囊泡的组织的状态。此外，据报道，细胞外囊泡可用于诊断疾病。

然而，没有对通过分析存在于人体中的源自细菌的纳米囊泡中的基因来鉴定引起严重细菌感染的细菌并预测这种细菌对抗生素的耐药性的方法进行研究。

发明内容

技术问题

因此，本发明人已发现，源自细菌的基因存在于源自哺乳动物体分离的样品的源自细菌的纳米囊泡中，并且开发了能够通过对由纳米囊泡提取的基因进行序列分析来预测引起严重细菌感染的致病因子(细菌)的方法。因此，基于这些事实已完成了本发明。

因此，本发明的目的是通过提取含有源自细菌的纳米囊泡的哺乳动物临床样品中的所述纳米囊泡中存在的基因并分析该基因的序列来提供用于鉴定导致严重细菌感染性疾病的致病因子(细菌)的方法，同时也提供用于预测细菌对抗生素的耐药性的方法。

然而，本发明要解决的技术问题不限于上述技术问题，并且本领域技术人员从以下描述中将清楚地理解本文没有公开的其他技术问题。

技术方案

根据本发明的一个方面，提供一种用于鉴定导致严重细菌感染性疾病的细菌的方法，其包括

(A)从含有源自细菌的纳米囊泡的患者样品中提取所述纳米囊泡中的基因；

(B)使用SEQ ID NO：1和2中所示的一对引物对提取的基因进行聚合酶链式反应(PCR)，以及

(C)与正常人相比，当PCR产物的产量增加时，判断导致严重细菌感染性疾病的细菌存在。