[发明专利]分析微生物组的方法

权利要求书

1.一种评价微生物组中细菌的生长动力学的方法，所述方法包括：

(a) 对微生物组的DNA片段进行测序以获得大量核酸测序数据；

(b) 将所述大量核酸序列数据与至少一个参比序列进行比对，所述参比序列是所述细菌的基因组的；和

(c) 分析位于所述基因组的复制起点的至少一个核苷酸的频率和位于所述基因组的末端的至少一个核苷酸的频率，其中所述频率的比率表明所述细菌的生长动力学。

2.权利要求1的方法，所述方法还包括使微生物组的DNA片段化以获得所述微生物组的DNA片段。

3.权利要求1的方法，其中步骤(c)包括分析跨越所述细菌的所述基因组的所述核苷酸每个的频率。

4.权利要求1的方法，其中所述测序包括平行高通量测序。

5.权利要求4的方法，其中所述高通量测序包括深度测序。

6.权利要求1的方法，所述方法还包括通过图表显示随其基因组位置变化的所述核苷酸的所述频率。

7.权利要求1的方法，其中所述微生物组选自皮肤微生物组、肠道(gut)微生物组、肠(intestinal)微生物组、口腔微生物组和阴道微生物组。

8.权利要求1的方法，其中所述微生物组是人类微生物组。

9.权利要求1的方法，其中所述微生物组包含肠道微生物组。

10.权利要求1的方法，其中当所述基因组复制起点处的所述核苷酸的频率:所述基因组末端处的所述核苷酸的频率为约2:1或更大时，它表明细菌的指数生长。

11.权利要求1的方法，其中当所述基因组复制起点处的核苷酸的频率:所述基因组末端处的核苷酸的频率为约1:1时，它表明细菌的静止生长。

12.一种测定复制细菌的复制起点的方法，所述方法包括：

(a) 对细菌基因组的DNA片段进行测序以获得大量核酸测序数据；

(b) 将所述大量核酸序列数据与参比序列进行比对，所述参比序列是所述细菌的基因组的；和

(c) 分析跨所述细菌的基因组间的核苷酸的频率；其中对应于最高读长数目的基因组位置是细菌的复制起点。

13.权利要求12的方法，所述方法还包括使微生物组的DNA片段化以获得所述微生物组的DNA片段。

14.权利要求12的方法，所述方法还包括通过图表显示随其基因组位置变化的所述核苷酸的所述频率。

15.权利要求12的方法，其中所述测序包括高通量测序。

16.权利要求15的方法，其中所述高通量测序包括深度测序。

17.权利要求12的方法，其中所述细菌包含在混合的细菌群中。

18.权利要求17的方法，其中所述混合的细菌群包含微生物组。

19.权利要求18的方法，其中所述微生物组包含肠道微生物组。

20.一种分析试验微生物组的健康状况的方法，所述方法包括：

(a) 分析试验微生物组中至少一种细菌的生长动力学；

(b) 将试验微生物组中的所述至少一种细菌的所述生长动力学与病理微生物组中的所述至少一种细菌的生长动力学进行比较，其中当所述试验微生物组中的所述至少一种细菌的所述生长动力学与所述病理微生物组中的所述至少一种细菌的所述生长动力学在统计学上显著地相似时，表明该微生物组不健康。

21.权利要求20的方法，其中所述分析生长动力学按照权利要求1的方法进行。

22.权利要求20的方法，其中所述细菌选自图4所列的细菌。

23.权利要求20的方法，其中所述病理微生物组来源于患有代谢障碍的受试者的肠道。

24.权利要求23的方法，其中所述代谢障碍选自糖尿病、肥胖症、溃疡性结肠炎和克罗恩病。

25.权利要求20的方法，其中所述试验微生物组和所述病理微生物组是肠道微生物组。