[发明专利]猪3号染色体上与窝产仔数相关的SNP位点及其引物

说明书

本发明涉及与猪产仔数性状相关的SNP位点，具体涉及猪3号染色体上一个与窝产仔数相关的SNP位点及其引物，属生物技术领域。该SNP位点为基因组版本NCBI Build Sscrofa 10.2的Chr3:59537592；该位点的等位基因为T和C，有C/C、T/C和T/T三种基因型，扩增该位点的引物及延伸引物为：Chr3‑1‑PCRU：5’‑TTG GTC CTC AGT CAT GTG G‑3’；Chr3‑1‑PCRL：5’‑AAC CTC TTC CCT TGA CCT GA‑3’；Chr3‑1‑SNPU：5’‑TGA CTA GTA GGC AGG CAA GAA CAT TCA GAG‑3’。带有T/C基因型的猪产仔数高于C/C基因型,T为提高猪产仔数的有益等位基因并且T/C杂合猪产仔数最高。本发明的有益效果在于：全基因组重测序方法能够快速、批量地筛选与性状相关的SNP位点或基因，基因组版本NCBI Build Sscrofa 10.2的Chr3:59537592这个SNP位点能够作为遗传标记用于猪的遗传育种提高母猪的产仔数。

技术领域：

本发明涉及与猪产仔数性状相关的SNP位点，具体涉及猪3号染色体上一个与窝产仔数相关的SNP位点及其引物，属生物技术领域。

背景技术：

猪的产仔数性状是猪繁殖性状的主要组成部分，提高猪产仔数对提高养猪业的总体经济效益意义重大。我国的太湖猪以高产而闻名，窝产仔数比大多数其它中国地方猪种以及国外猪种的窝产仔数多4-5头(《中国猪品种志》张仲葛主编，上海科技出版社，1986)。太湖猪中与高产仔数相关的多态位点，能够作为遗传标记用于提高母猪的产仔数。

全基因组重测序方法已广泛应用于各个物种的相关研究，它能够快速全面地筛选出与性状、功能相关的基因或突变位点，弥补了QTL定位以及候选基因方法费时费力、单一等不足。

在国内外尚未见本发明中SNP位点与猪窝产仔数相关的公开文献报道。

发明内容：

本发明的目的是提供猪3号染色体上一个与窝产仔数相关的SNP位点及其引物。

本发明选择了二花脸猪(太湖猪的一种)，藏猪，巴马香猪，莱芜猪，及滇南小耳猪5个中国地方猪种以及野猪进行了全基因组重测序。6个猪种的重测序个体数分别为11个，11个，9个，10个，10个和10个。重测序数据跟参考基因组(NCBI Build Sscrofa 10.2)进行比对，利用SAMTools软件进行SNPs位点的提取。发明人比较了二花脸猪与其它5个猪种，在3号染色体上发现一个SNP位点(基因组版本NCBI Build Sscrofa 10.2的Chr3:59537592)与猪的产仔数相关。该位点的等位基因为T和C，有C/C、T/C和T/T三种基因型。

筛选到该位点后，发明人在白色杜洛克×二花脸猪杂交资源群F₂代母猪个体中对其进行验证和相关性分析，结果发现该位点与猪产仔数有显著相关性。

本发明的有益效果在于：全基因组重测序方法能够快速、批量地筛选与性状相关的SNP位点或基因，基因组版本NCBI Build Sscrofa 10.2的Chr3:59537592这个SNP位点能够作为遗传标记用于猪的遗传育种提高母猪的产仔数。

附图说明：

图1为白色杜洛克×二花脸猪F₂代母猪资源群中Chr3:59537592位点3种基因型的产仔数比较(图中两种基因型产仔数比较时，*表示0.01≤P≤0.05；**表示P＜0.01)。

具体实施方案：

(1)SNP位点的群体分布特征