[发明专利]DNA甲基化分析中DNA样本重亚硫酸盐处理转化率的评估方法在审
申请号: | 201610015862.0 | 申请日: | 2016-01-11 |
公开(公告)号: | CN105441574A | 公开(公告)日: | 2016-03-30 |
发明(设计)人: | 崔恒宓;刘洋洋 | 申请(专利权)人: | 扬州大学 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68 |
代理公司: | 南京知识律师事务所 32207 | 代理人: | 卢亚丽 |
地址: | 225009 *** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | dna 甲基化 分析 样本 亚硫酸盐 处理 转化 评估 方法 | ||
1.一种DNA甲基化分析中DNA样本重亚硫酸盐处理转化率的评估方法,包括以下步骤:
(1)设计并合成下列DNA标准品及引物:
1)标准品1:是指与任何已知物种无同源序列的DNA序列,该序列未经重亚硫酸盐;
2)标准品2:是指标准品1中未甲基化的胞嘧啶全部转化为尿嘧啶后的序列;
3)引物1:是指根据标准品1的序列设计的用于扩增标准品1的检测引物;
4)引物2:是指根据标准品2的序列设计的用于扩增标准品2的检测引物;
(2)使用所述引物1和引物2,以所述标准品1与标准品2按照梯度稀释为模板,分别做标准曲线,其中标准曲线以模板的拷贝数CN对应相应的Ct值;
(3)将标准品1加入到待检测DNA样本中,
(4)将含有标准品1的待检测DNA样本使用重亚硫酸盐进行转化;
(5)使用引物1和引物2,以步骤(4)处理后的DNA样本为模板,分别检测样本中标准品1与标准品2的Ct值;再根据步骤(2)中的标准曲线,计算出样本中标准品1与标准品2相应的拷贝数;
(6)使用计算公式:重亚硫酸盐处理DNA转化率(%)=标准品2的拷贝数/(标准品1拷贝数+标准品2拷贝数)×100%,计算转化率。
2.根据权利要求1所的方法,其特征在于,所述的标准品1的序列如SEQIDNO.1所示,标准品2的序列如SEQIDNO.2所示。
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