[发明专利]一种鉴定控制白菜紫色性状形成的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种鉴定控制白菜紫色性状形成的SNP分子标记及其应用。A0331593020T/A位点在如下A‑F任一中的应用：A、在鉴别或辅助鉴别大白菜颜色中的应用；B、在选育紫色大白菜品种中的应用；C、大白菜育种中的应用；D、预测大白菜颜色中的应用；E、在制备鉴别或辅助鉴别大白菜颜色产品中的应用；F、在制备预测大白菜颜色产品中的应用。本发明通过实验证明，利用A0331593020T/A位点及其所对应的引物无论在紫色还是在绿色材料中的选择准确率均为100％。表明该位点及其所对应的引物将有助于紫色大白菜种质资源的筛选，为大白菜紫色性状的遗传改良提供材料储备和技术支持。

技术领域

本发明涉及生物技术领域中一种鉴定控制白菜紫色性状形成的SNP分子标记及其应用，尤其涉及一种鉴定白菜A03染色体上控制紫色性状QTL-BrPur的SNP分子标记及其应用。

背景技术

黄心、桔红心大白菜和紫色小白菜等品种具有色泽艳丽的商品品质、生食味甜的风味品质和高营养成分的营养品质，是白菜品质改良的重要目标。目前，黄心、桔红心大白菜和紫色小白菜品种已经普遍推广和种植，而紫色大白菜品种还处于空白。

研究显示紫色品种白菜的紫红色是由花青素类物质所致。花青素是一类广泛存在于植物中的水溶性天然色素，是植物中迄今为止所发现的强效自由基清除剂，具有抗氧化衰老、抗突变、抗癌与抗动脉硬化功能。紫色品种主要由国外引进，2006年前后，开始在国内市场销售，影响较大。国外推出的紫色小白菜〔Brassica campestris L.ssp.chinensis(L.)Makino var.communis Tsen et Lee〕是应用细胞质Ogu CMS不育系育成的一代杂种。在秋季栽培条件下，由于阳光充足，叶片的亮紫色表现尤为突出。但是对于控制紫色形成关键基因的研究却并不多见。

张德双利用绿色大白菜与紫色小白菜为亲本进行杂交、自交和回交，研究紫色基因的遗传规律，结果表明紫色对绿色为显性，由一对遗传基因控制，而且具有累加效应(张德双等,2011a；2011b)。汪维红等利用大白菜与紫色小白菜为亲本构建的186个单株的F2群体，通过筛选出的2个SSR和2个InDel标记将控制紫色性状的BrPur基因定位于A03号染色体上，4个分子标记与pur的遗传距离分别为17.1cM、5.8cM、5.3cM和0.4cM(汪维红等,2011)遗传距离相对较远；刘瑾等构建了一张包含BrPur基因、3个SSR和2个InDel标记的部分连锁图，标记间平均距离为1.98cM(刘瑾等，2013)；汪维红应用回交BC1群体1152个单株，发展2个Indel标记，与BrPur的遗传距离都为0.3cM，均存在一定的重组率(Wang等，2014)。

利用与目标性状共分离的分子标记进行标记辅助选择是在遗传育种中十分有效的方法，分子标记是在DNA水平上对目标性状进行选择，具有高效、快速、不受环境影响等优点，可以在幼苗期进行选择，加快育种过程。SNP属于新一代分子标记，具有丰度高、检测易实现自动化等特点。不同物种全基因组的序列测定及比较表明，SNP在基因组上的分布极其丰富；SNP突变率低，尤其处于编码区的SNP是高度稳定的，其遗传稳定性要比SSR等遗传标记高得多，遗传分析或基因诊断时的重现性、准确性都优于SSR。

基于KASP(竞争性等位基因特异性PCR)的SNPline基因分型检测是英国LGC(Laboratory of the Government Chemist)有限公司开发的高通量SNP分型技术，其具有准确、灵活、低成本、高通量的特点，目前已经成为国际上SNP分析的主流方法之一。该方案的核心是KASP技术，即Competitive Allele-Specific PCR。这项技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型以及检测InDels(Insertions and Deletions，插入和缺失)。