[发明专利]一种糖结构鉴定方法及糖结构鉴定装置有效
申请号: | 201610109049.X | 申请日: | 2016-02-26 |
公开(公告)号: | CN105758928B | 公开(公告)日: | 2019-04-30 |
发明(设计)人: | 孙世伟;卜东波;杨飞;王耀军;李岩;黄纯翠;陈润生;高枫;刘亚名 | 申请(专利权)人: | 中国科学院计算技术研究所;中国科学院生物物理研究所 |
主分类号: | G01N27/62 | 分类号: | G01N27/62 |
代理公司: | 北京律诚同业知识产权代理有限公司 11006 | 代理人: | 祁建国;鲍俊萍 |
地址: | 100190 北*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 结构 鉴定 方法 装置 | ||
1.一种糖结构鉴定方法,其特征在于,包括步骤:
步骤一:利用多级质谱信息进行待测糖结构谱峰对应的子结构预测,所述子结构作为候选子结构;以及
步骤二:利用De Novo糖结构鉴定技术,根据质谱谱峰对应的候选子结构组装出完整的糖结构;
其中,
所述步骤一包括:
步骤1:对糖样品进行纯化处理,注入质谱仪,得到一级质谱,在一级质谱中选取丰度最高的离子峰碎裂产生二级质谱;
步骤2:根据二级质谱的母离子质量,枚举可能组成的单糖类型以及每种类型的单糖个数,得到母离子单糖组成;
步骤3:对二级质谱中每个谱峰,枚举可能对应的离子类型以及单糖组成,并根据母离子单糖组成进行过滤得到每个谱峰对应的单糖组成,根据每个谱峰对应的单糖组成枚举可能的候选子结构。
2.根据权利要求1所述的糖结构鉴定方法,其特征在于,所述步骤一还包括:
步骤4:如果步骤3中某谱峰对应的单糖组成超过设置的枚举规模,则利用该谱峰产生下一级质谱,采用下一级质谱组装出该谱峰对应的候选子结构;以及
步骤5:利用该下一级质谱信息,执行步骤2,3,4,5,直至获取质谱所有离子谱峰对应的候选子结构。
3.根据权利要求2所述的糖结构鉴定方法,其特征在于,所述步骤二包括:
步骤6:如果步骤3或5得到的任意两个谱峰对应候选子结构间存在重叠部分,则将两个子结构连一条边,同一个谱峰不同候选子结构之间不连边,根据质谱中所有谱峰构建候选子结构的网络图;
步骤7:在该网络图中将每条路径中的结构碎片组装成一个完整结构;以及
步骤8:如果组装后的完整结构对应的质量在容差范围内等于待测糖结构母离子质量,则认为找到一个待测糖样品候选结构。
4.根据权利要求3所述的糖结构鉴定方法,其特征在于,所述步骤二还包括:步骤9:循环执行步骤7,获取网络图中所有路径对应的完整结构,并根据步骤8得到待测样品候选结构集合。
5.根据权利要求3所述的糖结构鉴定方法,其特征在于,还包括:
步骤10:将与步骤8找到的待测糖样品候选结构匹配的离子峰个数作为对应分数,并将得分最高的结构作为糖的候选结构返回。
6.一种糖鉴定装置,用于权利要求3的糖结构鉴定方法,其特征在于,包括:
用户web交互界面;
谱峰候选子结构鉴定模块,与所述用户web交互界面连接,所述谱峰候选子结构鉴定模块包括:
质谱数据模块:利用质谱仪对糖样品进行处理得到一级质谱,在一级质谱中选取丰度最高的离子峰碎裂产生二级质谱数据;
二级质谱枚举模块:根据所述二级质谱的母离子质量,枚举可能组成的单糖类型以及单糖个数,得到母离子单糖组成;对二级质谱中每个谱峰,枚举其可能对应的离子类型以及单糖组成,并根据母离子单糖组成进行过滤得到每个谱峰对应的单糖组成,根据每个谱峰对应的单糖组成枚举可能的候选子结构;
De Novo糖结构鉴定模块,包括:
候选子结构网络图构建模块:接收二级质谱枚举模块传送的候选结构,如果任意两个谱峰对应的候选子结构间存在重叠部分,则将两个子结构连一条边,同一个谱峰不同候选子结构之间不连边,根据质谱中所有谱峰构建候选子结构网络图;
组装模块:在所述网络图中将每条路径中的结构碎片组装成一个完整结构;以及
候选结构质量判断模块:如果组装后的完整结构对应的质量在容差范围内等于待测糖结构母离子质量,则认为找到一个待测糖样品候选结构,循环执行步骤7和步骤8,将网络图中所有的路径对应的可能待测糖样品候选结构,构成待测糖样品候选结构集合,将此待测糖样品候选结构集合返回用户web交互界面。
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