[发明专利]检测水稻半矮杆基因sd-1等位基因用的CAPS标记

说明书

本发明涉及检测水稻半矮杆基因sd‑1等位基因用的CAPS标记。具体而言，本发明涉及选自SEQ ID NO:1－4所示的寡核苷酸序列。本发明还涉及限制性内切酶Afl III在鉴定水稻sd‑1j基因型中的应用，以及限制性内切酶Bsp1286I在鉴定水稻sd‑1r基因型中的应用。本发明能够以简单的方式快速地、低成本地鉴定水稻半矮杆基因sd‑1基因的等位基因sd‑1j和sd‑1r。

技术领域

本发明涉及检测水稻半矮杆基因sd-1等位基因用的CAPS标记。

背景技术

国际水稻研究所培育水稻品种IR8后，对其矮源供体DGWG进行研究，发现其矮生性受单隐性基因控制以及微效基因修饰，就将单隐性基因命名为sd-1。

研究表明sd-1编码水稻生物GA合成过程中的GA20氧化酶-2(GA20ox-2)，GA20ox-2是赤霉素合成途径中的关键酶，催化GA53转换为GA20(Wolfgang Spielmeyer、MarcH.Ellis和Peter M.Chandler，Semidwarf(sd-1)，green revolutionrice,contains adefective gibberellin 20-oxidase gene，Proceedings of the National Academy ofSciences，2002，99(13):9043-9048)。

sd-1控制水稻的株高，该位点的突变导致水稻不同程度的矮化，因此目前水稻矮化育种中大规模运用的半矮秆基因位点为sd-1。

研究者发现sd-1基因除了野生型外还有4个等位基因(A.Sasaki、M.Ashikari、M.Ueguchi-Tanaka、H.Itoh等，A mutant gibberellin-synthesis gene in rice，Nature，2002，416(6882)：701-702)：矮秆品种Deo-geo-woo-gen及其衍生种的基因型是sd-1d，在第一到第二外显子上缺失383bp，包含103bp的内含子；矮秆品种Jikkoku为sd-1j，编码第94氨基酸的GGG变为GTG，导致甘氨酸变为缬氨酸；矮秆品种Calrose76为sd-1c，编码第266氨基酸的CTC突变为TTC，导致亮氨酸突变为苯丙氨酸；矮秆品种Remei为sd-1r，编码第349氨基酸的GAC变为CAC，导致天冬氨酸变为组氨酸。见图1。

目前，常用的鉴定sd-1基因突变的方法为克隆测序(Sasaki A，Ashikari M，Ueguchi-Tanaka M，Itoh H,Nishimura A，Swapan D，Ishiyama K，Saito T，Kobayashi M，Khush GS，Kitano H，Matsuoka M.，Green revolution:mutant gibberellin-synthesisgene in rice，Nature，2002Apr 18；416(6882):701-2)，但该方法耗时长、花费大、操作复杂。

因此，本领域仍然需要一种能以简单的方式快速、低成本地鉴定水稻半矮杆基因sd-1基因的等位基因的方法。

发明内容

本发明开发了可以快速鉴定水稻半矮杆基因sd-1第一和第三外显子上突变位点(sd-1j和sd-1r)的CAPS标记。

具体而言，本发明第一方面提供选自下组的寡核苷酸序列：

5’-AATCTCATGGTGGCCGAGC-3’；

5’-CGCATGATTGAGCTGCTGTC-3’；

5’-GACATTGGCGATGTAGCCCT-3’；和

5’-GTTCGTTCCGTTTCGTTCCG-3’。

本发明第二方面提供一种引物试剂，该试剂含有：