[发明专利]转基因水稻吉生粳3号外源插入片段的旁侧序列

说明书

本发明提供一种转基因水稻吉生粳3号外源插入片段的旁侧序列，属于生物技术领域，用于吉生粳3号品系特异性PCR检测。旁侧序列为3’端旁侧序列，序列如SEQ ID NO.7所示，提供了T‑DNA 3’端和5’端的巢式引物序列，以待测水稻总DNA为模板，通过基因组步移方法和热不对称PCR方法，用所述引物进行PCR检测，分离T‑DNA序列3’旁侧序列，本发明所分离的外源插入片段的旁侧序列可以进一步用于建立吉生粳3号品系特异性PCR检测方法。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及一种转基因水稻品系吉生粳3号的外源插入片段的旁侧序列，用于吉生粳3号品系特异性PCR检测方法中。

背景技术

水稻是我国乃至全世界最重要的粮食作物之一。目前，全球转基因水稻研究进展迅速，涉及抗虫、抗病、抗除草剂、品质和农艺性状改良等多方面内容。我国转基因水稻研发与世界同步，其中抗虫转基因水稻处于世界领先水平。对转基因植物进行品系特异性检测是对转基因植物进行监督管理，保障其健康发展的重要技术基础。而转基因植物的外源插入片段的旁侧序列是转基因植物品系特异性检测方法的重要技术资料。基因组步移技术(Genome walking)是目前广泛利用于分离外源插入片段旁侧序列的简单有效方法之一。它是从外源插入片段的已知序列出发，逐步探知其旁邻的未知序列或与已知序列呈线性关系的目标序列的方法。目前已经有部分专利和文献报道了转基因植物外源插入片段旁侧序列，然而还没有任何关于转基因水稻吉生粳3号外源插入片段旁侧序列的文章和专利报道。

发明内容

本发明提供一种转基因水稻吉生粳3号外源插入片段的旁侧序列，用于吉生粳3号品系特异性PCR检测。

转基因水稻吉生粳3号外源插入片段的旁侧序列，所述旁侧序列为3’端旁侧序列，该3’端旁侧序列如SEQ ID NO.7所示。

所述的转基因水稻吉生粳3号外源插入片段的旁侧序列的制备方法，包括提取转基因水稻吉生粳3号的基因组DNA，通过基因组步移方法和热不对称PCR方法分离得到。

转基因水稻吉生粳3号外源插入片段的旁侧序列在吉生粳3号品系特异性PCR检测方法中的应用。

本发明利用基因组步移方法和热不对称PCR方法分离得到外源插入片段的3’端旁侧序列732bp,其核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示。通过比对分析发现，该序列包括转化载体序列部分和水稻基因组序列部分，载体序列部分即SEQ ID NO.7中的1-68位核苷酸序列与载体的部分序列完全相同,水稻基因组序列部分即SEQ ID NO.7中68-732位核苷酸序列与水稻日本晴品种2号染色体上(GenBank登记号：NC_029257.1)的2790589-2789925bp区段核苷酸序列具有99％的相似性。因此，外源插入片段在吉生粳3号基因组中的插入位点可判断为2790589位。通过5’端巢式PCR方法进一步验证了插入位点的准确性。

本发明优点是首次分离了转基因水稻品系吉生粳3号的3’端旁侧序列，并确定了外源基因在水稻基因组中的插入位点。本发明所分离的外源插入片段的旁侧序列可以进一步用于建立吉生粳3号品系特异性PCR检测方法。

附图说明

图1吉生粳3号热不对称PCR扩增结果图，图中：

M：λ-Hind Ⅲ digest DNA分子量标准；1-3：AP1的1st、2nd、3rd PCR产物；4-6：AP2的1st、2nd、3rd PCR产物；7-9：AP3的1st、2nd、3rd PCR产物；10-12：AP4的1st、2nd、3rd PCR产物；

图2是5’端巢试PCR扩增结果图，图中：