[发明专利]设计目标区域特异性液相探针的方法和系统

权利要求书

1.一种设计目标区域特异性液相探针的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)将目标区域向上下游延伸预定长度，以便获得经过处理的目标区域，所述经过处理的目标区域是由数量为W_num的窗口构成的；

(2)针对所述经过处理的目标区域，间隔固定步长选取长度为P_len的探针序列，以便构建获得初始探针集；

(3)对所述初始探针集进行第一筛选，去除含有未知碱基的探针序列，以便获得经过第一筛选的探针集；

(4)确定所述经过第一筛选的探针集中每一条探针的探针属性参数，所述探针属性参数为选自探针序列中简单重复序列的含量P_repeat、探针序列的15mer的频数的平均值P_avgKmerFreq、探针序列在源基因组中的比对次数P_wHits和探针序列是否含有连续相同的碱基P_isPoly的至少一种；

(5)基于所述探针属性参数，对所述经过第一筛选的探针集进行第二筛选，以便获得经过第二筛选的探针集；

(6)确定所述经过第二筛选的探针集中每一条探针的分值P_score

(7)针对所述经过处理的目标区域的每个窗口，基于所述经过第二筛选的探针集中在所述窗口内的所有探针的P_score值，确定一条最优探针；以及

(8)合并所有窗口的最优探针，以便获得最优探针集。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(1)中，所述预定长度为30-50bp。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述预定长度为40bp。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(2)中，所述固定步长为1-3bp。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述固定步长为1bp。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(2)中，所述P_len为30-200bp。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，P_len为90bp。

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(4)中，所述P_repeat是按照以下公式计算获得的：

其中，Rep(P)为探针中的小写字符的数量，P_len为探针的长度。

9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(4)中，所述P_avgKmerFreq是按照以下公式计算获得的：

其中，j＝P_len-15+1，f(i)为探针上第i个15mer的频数，P_len为探针的长度。

10.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(4)中，所述连续相同的碱基PisPoly为8。

11.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(5)中，所述第二筛选进一步包括：

(a)判断探针序列的P_repeat是否超过参数设定值，如果是则丢弃该探针；

(b)判断探针序列的P_avgKmerFreq是否超过参数设定值，如果是则丢弃该探针；

(c)判断探针序列的P_wHits是否超过参数设定值，如果是则丢弃该探针；

(d)判断探针序列的P_isPoly属性是否为真，如果是则丢弃该探针，其中，以探针序列含有连续相同的碱基表示P_isPoly属性为真，以探针序列不含有连续相同的碱基表示P_isPoly属性为假。