[发明专利]构建待测基因组的DNA测序文库的方法及其应用

说明书

本发明提出了一种构建待测基因组的DNA测序文库的方法，该方法包括：(1)利用微球菌核酸酶对待测基因组进行第一消化处理，以便获得第一消化处理产物；(2)将所述第一消化处理产物进行免疫共沉淀处理，以便获得免疫共沉淀处理产物；(3)利用蛋白酶K对所述免疫共沉淀处理产物进行第二消化处理，以便获得第二消化处理产物；(4)利用虾碱性磷酸酶对所述第二；消化处理产物直接进行去磷酸化处理，以便获得去磷酸化处理产物；(5)将所述去磷酸化处理产物直接进行变性处理，以便获得含有单链DNA分子的变性处理产物；以及(6)基于所述含有单链DNA分子的变性处理产物，按照TELP法获得测序文库。

技术领域

本发明涉及生物技术领域。具体地，本发明涉及构建待测基因组的DNA测序文库的方法及其应用。更具体地，本发明涉及构建待测基因组的DNA测序文库的方法、构建待测基因组的DNA测序文库的设备、确定待测基因组的DNA序列信息的方法、确定待测基因组的DNA序列信息的系统和用于确定待测基因组染色质目标区域的序列信息的方法。

背景技术

近年来在表观遗传学领域的研究表明，组蛋白修饰对维持细胞的生长发育有着至关重要的作用。因此，如何获得不同种类细胞在不同发育阶段的系统的全面的组蛋白修饰信息成了亟待解决的问题。而二代测序技术的普及，使得结合测序的染色质免疫共沉淀技术成为了研究DNA与组蛋白相互作用的重要技术手段，为揭示细胞的系统全面的DNA组蛋白修饰图谱提供了强有力的技术支撑。然而，染色质免疫共沉淀技术极为受限于细胞数目和抗体的质量等多方面的因素，如果不能够获得足够量的用于建库的DNA，是无法得到有效组蛋白修饰信息的。传统的染色质免疫共沉淀技术包括交联、打断DNA、抗体孵育、解交联和洗脱DNA等几个重要步骤，然而传统的染色质免疫共沉淀技术通常都用于研究容易获得的、数量级在10⁶以上的常见类型的细胞，对于研究处于胚胎发育早期的这种极难获得的、少量数目的类型的细胞是无能为力的。

从而，如何建立不易获得的、少量数量类型细胞的DNA测序文库并有效用于DNA测序，是有待解决的问题。

发明内容

本申请是基于发明人对以下问题的发现而做出的：

传统的染色质免疫共沉淀技术中的交联和断裂DNA的过程会造成大量的DNA损失，并且后续的几次纯化DNA的过程又使得DNA的回收效率成为了影响获得的DNA量的关键因素。基于发明人对以上传统染色质免疫共沉淀技术中影响获得DNA量因素的发现，发明人对传统的免疫共沉淀技术进行了创造性的改进，提出了一种新的基于染色质免疫共沉淀的建库和测序技术。该建库技术和测序技术可对原代细胞或数目低至500的细胞的DNA进行建库和有效测序，为研究胚胎发育早期的表观遗传学的精细调控研究带来了希望。

在本发明的第一方面，本发明提出了一种构建待测基因组的DNA测序文库的方法。根据本发明的实施例，该方法包括：(1)利用微球核酸酶对待测基因组进行第一消化处理，以便获得第一消化处理产物；(2)将所述第一消化处理产物进行免疫共沉淀处理，以便获得免疫共沉淀处理产物；(3)利用蛋白酶K对所述免疫共沉淀处理产物进行第二消化处理，以便获得第二消化处理产物；(4)利用虾碱性磷酸酶对所述第二消化处理产物直接进行去磷酸化处理，以便获得去磷酸化处理产物；(5)将所述去磷酸化处理产物直接进行变性处理，以便获得含有单链DNA分子的变性处理产物；以及(6)基于所述含有单链DNA分子的变性处理产物，按照TELP法获得测序文库。