[发明专利]染色体DNA含量的检测方法

权利要求书

1.一种染色体DNA含量的检测方法，其特征在于，包括如下步骤：

步骤一：提取外周血血浆中的游离DNA，构建高通量测序文库并测序基因 组部分的序列，生成DNA序列数据；

步骤二：将测序生成的所述DNA序列数据比对至人类参考基因组，将所述 DNA序列数据定位到人类基因组的对应位置上；

步骤三：将人类参考基因组划分为预设长度的连续区间，计算各区间内参 考序列的GC含量和比对能力mapbl，计算落在各个区间中的序列数目RC_raw， 根据比对能力得到校正后的序列数目RC_mapbl＝RC_raw/mapbl；

步骤四：使用LOESS算法拟合各区间内的GC含量和对应的RC_mapbl，计算 特定GC含量时对应的序列数目RC_loess；

步骤五：计算各区间上GC校正后的序列数目RC_GC＝RC_raw*Mean/RC_loess，其 中Mean为各区间上序列数目的平均值；

步骤六：计算目标染色体i上的DNA含量NCR_i＝sumRCⁱ_GC/sumRC^chrK_GC， 其中，sumRCⁱ_GC为落在目标染色体i区间上序列数目的总和，sumRC^chrK_GC为落 在特定染色体集合chrK区间上序列数目的总和，所述特定染色体集合chrK为 计算出的人类参考基因组中染色体序列数目总和sumRC^chrK_GC的变异系数CV的 最小值对应的染色体组合。

2.如权利要求1所述的染色体DNA含量的检测方法，其特征在于，在所 述步骤一之后，若有多个样本同时测序时，还包括使用特定的短序列片段作为 索引序列以用于区分样本、分拆测序数据，得到不同样本的DNA序列数据的步 骤。

3.如权利要求1所述的染色体DNA含量的检测方法，其特征在于，在所 述步骤一之后，还包括在所述DNA序列数据中去除测序接头以及低质量序列的 步骤，所述低质量序列为N值或者测序Q值小于13的碱基比例不小于10％的 测序序列。

4.如权利要求1所述的染色体DNA含量的检测方法，其特征在于，所述 人类参考基因组为hg19基因组。

5.如权利要求1所述的染色体DNA含量的检测方法，其特征在于，在所 述步骤二之后，还包括去除测序中起始位置一样的序列的步骤。

6.如权利要求1所述的染色体DNA含量的检测方法，其特征在于，在所 述步骤三中，所述预设长度为50kb。

7.如权利要求1所述的染色体DNA含量的检测方法，其特征在于，在所 述步骤三中，还包括去除比对能力弱的区间的步骤，然后计算落在各个剩余区 间中的序列数目RC_raw。

8.如权利要求1所述的染色体DNA含量的检测方法，其特征在于，当所 述目标染色体i为13号染色体时，所述染色体集合chrK包括12号染色体、14 号染色体、2号染色体、22号染色体及3号染色体，或者所述染色体集合chrK 包括14号染色体、17号染色体、2号染色体及3号染色体；

当所述目标染色体i为18号染色体时，所述染色体集合chrK包括12号染 色体、19号染色体、20号染色体、3号染色体及8号染色体，或者所述染色体 集合chrK包括11号染色体、12号染色体、15号染色体、19号染色体及8号染 色体；

当所述目标染色体i为21号染色体时，所述染色体集合chrK包括19号染 色体及6号染色体，或者所述染色体集合chrK包括19号染色体、22号染色体、 4号染色体及6号染色体；

当所述目标染色体i为Y染色体时，所述染色体集合chrK只包括14号染 色体，或者所述染色体集合chrK只包括19号染色体。