[发明专利]一种用于乳腺癌筛查的组合物及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及基因检测领域，尤其涉及基因标识物的筛选、基因标识物的组合应用和将该基因标识物组合在疾病的体外辅助诊断中的应用。

背景技术

在中国，癌症的健康负担逐年增长，每年超过160万人诊断为癌症，120万因癌症而死亡。与其他大多数国家一样，乳腺癌也成为了中国女性最常见的癌症；每年中国乳腺癌新发数量和死亡数量分别占全世界的12.2％和9.6％。

虽然目前中国乳腺癌发病率低，但是从90年代以来，中国的乳腺癌发病率增长速度是全球的两倍多，城市地区尤为显著。目前，乳腺癌是中国女性发病率最高的癌症，癌症死亡原因位居第六。截至2008年，中国总计169452例新发侵润性乳腺癌，44908例死于乳腺癌，分别占到全世界的12.2％和9.6％。中国乳腺癌全年检出人数是欧洲(2008年共计332000例，总人口四亿九千八百万)的一半，与美国(2008年共计182000例，总人口三亿零四百万)基本相当。如果这一趋势保持不变，到2021年，中国乳腺癌患者将高达250万，发病率将从不到60例/10万女性(年龄在55岁到69岁之间)增加到超过100例/10万女性。

全球肿瘤流行病统计数据(GLOBOCAN)认为乳腺癌是中国女性最常见的癌症，年龄标化率(ASR)为每10万人21.6例。根据中国国家肿瘤登记中心的数据，乳腺癌是城市女性最常见的癌症，是农村女性第四大常见癌症。城市地区的ASR(34.3例/10万女性)是农村地区的2倍(17.0例/10万女性)

50岁前进行乳腺X线检查是否有益还存在争议，然而，中国57％的患者都在这个年龄段。这一结果也许可以解释为什么乳腺X线检查的成本效果研究在西方女性中没有中国女性中那样令人信服。目前，中国还没有全国范围内的筛查项目。无法实施基于人群的乳腺X线检查项目的障碍包括：缺乏令人信服的成本效果分析数据；人群分布广泛；器材设备缺乏；医疗保险未覆盖此项目。因此，迫切需要敏感特异的生物标记。

而随着生物科技的不断发展，利用基因检测来诊断疾病的方法受到了广泛的瞩目。其中DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分，不仅在维持正常细胞功能，而且在癌症发生中也起着重要的作用，即甲基化状态的改变是引起癌症的一个重要因素，这种变化包括基因组整体甲基化程度降低和CpG岛局部甲基化程度的异常升高，从而导致基因组的不稳定和抑癌基因的不表 达。如果抑癌基因中有活性的等位基因失活，则发生癌症的机率提高。因此，甲基化的研究，为癌症的早期预测、分类、分级及预后评估提供了新的依据，是目前的研究热点之一。

发明内容

基于上述背景技术，本发明的目的在于提供一种通过综合分析基因甲基化谱(methylome)数据，筛选适用于液相活检的癌症甲基化基因标识物，进而得到针对所述癌症甲基化基因标识物的用于肺癌筛查的组合物。

本发明提供了一种用于乳腺癌筛查的组合物，所述组合物包含分别用于检测CDO1基因和PITX2基因中的每个基因的至少一个靶区域内的甲基化程度的核酸序列；

其中，所述靶区域为分别选自SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17中的连续的至少18个碱基长度的片段；

所述核酸序列等同、互补或杂交于所述靶区域；优选地，所述核酸序列在中等严紧或严紧条件下杂交于所述靶区域。

在根据本发明的一个实施方案中，所述核酸序列为引物和探针，其中，所述引物和探针具有以下特征：

1)可扩增人造的甲基化的所述靶区域，而不能扩增人造的非甲基化的所述靶区域；

2)在以正常的人白细胞中提取的DNA为模板时显示没有扩增，但在以人乳腺癌组织中提取的DNA为模板时显著扩增；

优选地，所述引物和探针还包括特征：

3)在以从正常人的血浆提取的DNA为模板时显示没有扩增，但在从乳腺癌病人的血浆提取的DNA为模板时显著扩增。

在根据本发明的一个实施方案中，检测CDO1基因的引物和探针为组合1；

组合1

引物：SEQ ID No 1，

探针：SEQ ID No 2，

引物：SEQ ID No 3。

在根据本发明的一个实施方案中，检测PITX2基因的引物和探针选自组合2、组合3和组合4中的一种；

组合2

引物：SEQ ID NO:4，

探针：SEQ ID NO:5，

引物：SEQ ID NO:6；