[发明专利]一种基于内外存耦合分布式并发计算的基因比对方法

权利要求书

1.一种基于内外存耦合分布式并发计算的基因比对方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1、程序并发由外存读取基因数据库到内存，程序并发对数据库进行解析，构建分布式内存中数据结构；

S2、对于每个样本序列文件，进行以下步骤：

S21、程序根据序列文件在外存中存储分布动态分配任务到各台节点；

S22、多机并发由外存读取查询序列文件到分布式内存中，基于内存中数据库数据结构进行比对，比对结果保存在分布式内存中；

S23、合并所有序列比对结果并发写入到外存中。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在S21-S23过程中能自动根据节点内存使用情况调度数据到内存或外存或其它节点内存或外存。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，分布式内外存系统中各节点可以引用读取写入存储与其它节点内存以及外存中数据。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S1对于计算系统而言只需进行一次，即可对多个样本序列文件进行分析。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S1对于计算系统而言内存数据结构构建只需进行一次，即可对多个样本序列文件进行分析。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，多个节点共同并发运算，分析同一份样本序列文件。

7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，根据外存数据存储分布自动分配任务到有良好局部性节点。