[发明专利]确定转基因生物中外源DNA片段的序列、插入位置和边际序列的方法

权利要求书

1.确定转基因生物中外源DNA片段的序列和/或插入位置和/或边际序列的方法，包括下述1）和2）：

1）对转基因生物的全基因组进行测序，得到转基因生物全基因组序列；其中，所述转基因生物为利用含有外源DNA片段的载体处理受体生物得到的转基因生物；

2）包括下述21）和22）：

21）将序列A与所述转基因生物全基因组序列进行序列比对，得到所述转基因生物全基因组序列中与所述序列A匹配的序列，将该序列命名为序列B；

22）包括下述22a）和22b）：

22a）将所述序列B与所述受体生物的参考序列进行序列比对，初步确定所述转基因生物中外源DNA片段的序列和/或插入位置和/或边际序列；

22b）根据所述序列B中已知序列与所述受体生物的参考序列设计引物，利用所述引物对所述转基因生物的基因组进行扩增，根据扩增产物的序列进一步确定所述转基因生物中外源DNA片段的序列和/或插入位置和/或边际序列；

所述序列A为a1)、a2)或a3)：

a1)所述载体的全长序列；

a2)来自所述载体的含有所述外源DNA片段的任一DNA片段的序列；

a3)所述外源DNA片段或其中任一片段的序列。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述对转基因生物的全基因组进行测序采用高通量测序平台进行。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述方法还包括在对转基因生物的全基因组进行测序前对所述转基因生物的基因组构建测序所用文库。

4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于：采用高通量测序平台对转基因生物的全基因组测序后，通过序列拼接软件和/或模块进行序列拼接得到所述转基因生物全基因组序列。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述转基因生物为转基因植物或转基因动物。

6.确定转基因生物中外源DNA片段拷贝数的方法，包括：通过利用权利要求1-5中任一所述方法确定转基因生物中外源DNA片段的序列和/或插入位置和/或边际序列来确定所述转基因生物中所述外源DNA片段的拷贝数。

7.下述任一应用：

P1）权利要求1-6中任一所述方法在生物育种中的应用；

P2）权利要求1-6中任一所述方法在评价转基因生物是否安全中的应用。