[发明专利]一种基于高通量测序的基因芯片探针序列的获取方法

权利要求书

1.一种基于高通量测序的基因芯片探针序列的获取方法，其特征在于，步骤包括：

(1)确定待测基因片段：根据已有的资料，评估出用于特定检测项目所需的基因芯片目标基因片段；

(2)待测未知物种高通量测序：对需要检测但不具有该基因的物种或样品进行高通量测序，根据检测的目的可以采用不同的高通量测序方案；

(3)高通量检测拼接：高通量测序后整理，采用相关的软件进行拼接，生成contig文件，用于后续的比对分析；

(4)利用已知物种基因做blast比对：用已知的物种该段基因，在拼接生成的contig文件做比对，直接钓出未知该基因；

(5)基因芯片探针设计：根据所搜集的不同物种的该基因序列设计长度为18-40bp探针。

2.根据权利要求1所述基于高通量测序的基因芯片探针序列的获取方法，其特征在于，步骤(2)中，用于特定编码基因的检测采用转录组测序的方案，即取目标物种的特定组织样，提取RNA，反转录为cDNA后，进行高通量测序建库，然后测序。

3.根据权利要求1所述基于高通量测序的基因芯片探针序列的获取方法，其特征在于，步骤(2)中，用于基因侧翼序列和非编码序列检测用简化基因组测序的方案，即直接提取目标物种或样品的DNA，建库，然后高通量测序。

4.根据权利要求1或2所述基于高通量测序的基因芯片探针序列的获取方法，其特征在于，步骤(3)中，转录组测序使用Trinity软件进行拼接。

5.根据权利要求1或3所述基于高通量测序的基因芯片探针序列的获取方法，其特征在于，步骤(3)中，简化基因组测序采用SOAPdenovo软件进行拼 接。