[发明专利]一种BRCA2基因突变体及其应用在审
申请号: | 201610685379.3 | 申请日: | 2016-08-18 |
公开(公告)号: | CN107760688A | 公开(公告)日: | 2018-03-06 |
发明(设计)人: | 刘梦;王晓宏;邵康;曹博洋;李贵波;侯勇;朱师达 | 申请(专利权)人: | 深圳华大基因研究院 |
主分类号: | C12N15/12 | 分类号: | C12N15/12;C12Q1/6886;C07K14/47;G01N33/68;C12M1/34 |
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地址: | 518083 广东*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 brca2 基因 突变体 及其 应用 | ||
1.一种分离的编码BRCA2突变体核酸,其特征在于,所述核酸序列如SEQ ID NO:3所示,与SEQ ID NO:1相比,具有c.3467delC突变,
任选地,所述核酸为DNA。
2.根据如权利要求1所述编码BRCA2突变体核酸在制备用于检测生物样品是否存在BRCA2基因突变的试剂盒的应用。
3.根据如权利要求2所述的试剂盒,其特征在于,含有:
适于检测BRCA2基因突变的试剂,
任选地,所述试剂为该核酸探针或引物,
任选地,所述核酸探针或引物具有如SEQ ID NO:5-6所示的核苷酸序列。
4.一种由权利要求1所述的核酸编码的多肽,其特征在于,所述多肽序列如SEQ ID NO:4所示,与SEQ ID NO:2相比,具有p.S1156fs的突变。
5.如权利要求4所述编码BRCA2突变体多肽在制备用于检测生物样品是否存在BRCA2基因突变体的试剂盒的应用。
6.一种检测权利要求1所述的BRCA2基因突变位点的方法,其特征在于,包括以下步骤:
从所述生物样品提取核酸样本;
确定所述核酸样本的核酸序列;
所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1相比,具有c.3467delC突变是所述生物样品易患遗传性乳腺癌的标记,
任选地,所述生物样本为选自人体血液、皮肤、皮下组织的至少一种,
任选地,所述核酸样本为选自外显子组DNA、全基因组DNA的至少一种。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,从所述生物样品提取核酸样本进一步包括:
从所述生物样品提取RNA样本,优选所述RNA样本为mRNA;以及
基于所述RNA样本,通过逆转录反应,获得cDNA样本,所述cDNA样本构成所述核酸样本。
8.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,确定所述核酸样本的核酸序列进一步包括:
针对所述核酸样本,构建核酸测序文库;以及
对所述核酸测序文库进行测序,以便获得由多个测序数据构成的测序结果,任选地,采用选自Complete Genomics、Hiseq2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种对所述核酸测序文库进行测序,
任选地,针对所述核酸样本,构建核酸测序文库进一步包括:
利用BRCA2基因外显子特异性引物对,对所述核酸样本进行PCR扩增;以及
针对所得到的扩增产物,构建所述核酸测序文库,
任选地,所述特异性引物具有如SEQ ID NO:5-6所示的核苷酸序列。
9.一种检测如权利要求1所述的BRCA2基因突变位点的系统,其特征在于,包括:
核酸提取装置,所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本;
核酸序列确定装置,所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连,用于对所述核酸样本进行分析,以便确定所述核酸样本的核酸序列;
判断装置,所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连,判断所述核酸样本的核酸序列与SEQ ID NO:1相比,是否具有c.3467delC突变,
任选地,所述核酸提取装置进一步包括:
RNA提取单元,所述RNA提取单元用于从所述生物样品提取RNA样本;以及
逆转录单元,所述逆转录单元与所述RNA提取单元相连,用于对所述RNA样本进行逆转录反映,以便获得cDNA样本,所述cDNA样本构成所述核酸样本。
10.根据权利要求9所述的系统,其特征在于,所述核酸序列确定装置进一步包括:
文库构建单元,所述文库构建单元用于针对所述核酸样本,构建核酸测序文库;以及
测序单元,所述测序单元与所述文库构建单元相连,用于对所述核酸测序文库进行测序,以便获得由多个测序数据构成的测序结果,
任选地,所述文库构建单元进一步包括:
PCR扩增模块,所述PCR扩增模块中设置有BRCA2基因外显子特异性引物,以便利用所述特异性引物,对所述核酸样本进行PCR扩增,
任选地,所述特异性引物具有如SEQ ID NO:5-6所示的核苷酸序列,
任选地,所述测序单元包括选自Complete Genomics、Hiseq2000、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种。
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