[发明专利]一种胃癌新型分子标记物hsa_circ_0001017的检测及应用

说明书

本发明涉及一种用于胃癌诊断的环状RNA分子标记物，其特征在于：该环状RNA为hsa_circ_0001017，本发明还提供一种检测血浆中状RNA分子标记物的方法，包括如下步骤：(1)采集血液，提取血浆中的总RNA；(2)将总RNA逆转录成cDNA；(3)利用特异性扩增背对背引物和看家基因GAPDH的扩增上下游引物对步骤(2)的cDNA溶液进行数字微滴PCR检测，反应结束后检测所有微滴的荧光信号值并设定阈值，根据阈值确定微滴是否包含环状RNA或看家基因GAPDH，高于阈值的微滴为阳性微滴，低于阈值的微滴为阴性微滴；(4)统计阳性微滴数，计算得到血浆中hsa_circ_0001017和看家基因GAPDH的拷贝数，以对血浆中的hsa_circ_0001017进行定量检测，与现有技术相比，本发明的优点在于在胃癌患者血浆中的特异性表达上调hsa_circ_0001017可作为胃癌诊断的新型分子标记物。

技术领域

本发明涉及一种血浆中环状RNA的检测方法，尤其涉及一种微滴式数字PCR检测血浆中环状RNA的方法及其应用。

背景技术

全球癌症统计中，胃癌发病率列居前位，中国又是胃癌高发大国。尽管诊断技术在不断提高，以手术治疗为主的综合治疗手段越来越丰富，但胃癌依旧是全球主要癌症致死性疾病之一。而且，现有的肿瘤标志物CEA、CA19-9、CA50、CA125在胃癌诊断中的敏感度与特异性并不高，虽然CA72-4对胃癌具有较高特异性，但通常也只有在胃癌的III-IV期才出现增高。因此，寻找可靠的生物标志物作为早期诊断依据和可靠的治疗靶点成为当务之急，如lncRNAs。但随着基因工程研究的深入，科学家逐渐将目光转向环状RNA(circular RNA，circRNA)，因其在致癌与肿瘤抑制途径中显露出的潜在作用而成为肿瘤研究的新热点，circRNA是区别于传统线性RNA的RNA家族新成员，不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。最新研究表明，circRNA具有闭合环状结构，主要通过非典型可变剪切加工产生，广泛存在于各种生物细胞中，具有结构稳定，难以被RNA酶降解、表达丰度高、物种间保守性好，表达具有组织及时空特异性等特征，这些特点使得circRNA在疾病诊断与治疗新型方法的开发应用上具有广阔的前景。

发明内容

本发明所要解决的一个技术问题是针对上述现有技术现状而提供一种hsa_circ_0001017以作为胃癌检测中的分子标记物，利用该分子标记物可以简单、快捷地进行胃癌诊断。

本发明所要解决的另一个技术问题是针对上述现有技术现状而提供一种在血浆中检测hsa_circ_0001017的方法。

本发明所要解决的又一个技术问题是针对上述现有技术现状而提供一种hsa_circ_0001017在胃癌诊断中的应用。

本发明解决上述技术问题所采用的技术方案为：该用于胃癌检测的环状RNA分子标记物，其特征在于：该环状RNA为hsa_circ_0001017，其在基因组上的定位为：chr2:61749745-61761038，相应的线性基因为XPO1(NM_003400)，该环状RNA的核苷酸序列如SEQID NO：1所示。

进一步地，所述hsa_circ_0001017在胃癌患者血浆中的特异性表达水平上调。

本发明还提供一种检测血浆中环状RNA分子标记物的方法，其特征在于所述的方法包括如下步骤：

(1)采集血液，提取血浆中的总RNA；

(2)将总RNA逆转录成cDNA；

(3)利用hsa_circ_0001017的特异性扩增背对背引物和看家基因GAPDH的扩增上下游引物对步骤(2)的cDNA溶液进行数字微滴PCR检测，反应结束后检测所有微滴的荧光信号值并设定阈值，根据阈值确定微滴是否包含环状RNA hsa_circ_0001017或看家基因GAPDH，高于阈值的微滴为阳性微滴，低于阈值的微滴为阴性微滴；