[发明专利]PDGFRA基因突变检测试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及一种试剂盒，具体涉及一种肿瘤相关基因PDGFRA基因突变检测试剂盒。

背景技术

胃肠道间质瘤（GIST）是消化道最常见的间叶源性肿瘤。PDGFRA基因编码的蛋白质是血小板衍生生长因子受体A(PDGFRA)，为一种单链跨膜糖蛋白，与C-KIT同属III型酪氨酸蛋白激酶家族，且结构相似，两者的氨基酸序列有很高的同源性。PDGFRA与配体PDGF结合后形成受体配体复合物并活化PDGFRA，从而启动磷脂酰肌醇、cAMP及多种蛋白质的磷酸化通路，通过各种信号转导通路将有丝分裂等信号传递入细胞核，诱导相应基因表达，促进DNA合成，细胞分裂和增殖。当受体或配体发生异常突变，可导致恶性肿瘤。研究发现，PDGFRA基因D842V突变是导致GIST患者对格列卫产生原发耐药性的原因。PDGFRA突变与c-kit基因突变是相互独立的。因此，检测肿瘤患者PDGFRA基因突变的情况可用于判断格列卫(Imatinib /Glivec/Gleevec)治疗是否有效。

PDGFRA基因突变的检测主要有Sanger测序法、ARMS、RT-PCR等。其中RT-PCR技术采用等位基因特异性扩增法对样本的基因突变进行区分，该方法成本较低，但检测率较高，容易出现假阴性结果；ARMS技术是目前国内应用最为广泛的技术，但只能检测已知的位点，且要将样本分成多个管进行实验才能实现分型，对样本量要求高；而Sanger测序法是DNA序列分析的经典方法，最直接的、可检测已知和未知突变的一种方法。由于该方法可直接读取DNA的序列，因此被认为是基因分型的金标准，其主要优点是测序长度较长，可发现新的变异位点，包括一些新的少见的突变形式及突变的确切类型，如点突变、片段缺失。所以探索一种可以采用Sanger测序法检测PDGFRA基因的技术具有重要的临床意义。

发明内容

本发明的目的是为了解决上述问题，提供一种PDGFRA基因突变检测试剂盒，可直接利用含人体某组织部位的石蜡包埋样本通过Sanger测序法检测出样本中PDGFRA基因主要突变位点型别，检测位点包括PDGFRA基因12和18两个外显子的主要突变位点，包括但不限于12号外显子上c. 1682T>A, p. V561D突变位点；18号外显子上c. 2525A>T, p. D842V突变位点。

本发明的PDGFRA基因突变检测试剂盒具体包括：

（1）用于扩增样本中PDGFRA基因Exon12和18两个外显子的特异性引物，具体序列如下:

（2）用于测序PCR的测序引物，分别用于对PDGFRA基因Exon12和18两个外显子进行测序分析，具体序列如下：

外显子名称序列号Reverse 5’-3’12SEQ-PD12SEQ ID No.5GCAAGGGAAAAGGGAGTCTT18SEQ-PD18SEQ ID No.6ACCATGGATCAGCCAGTCTT