[发明专利]水稻基因组重组核酸片段RecCR012617及其检测方法

权利要求书

1.水稻基因组重组核酸片段，其由以下的第一重组核酸片段和第二重组核酸片段组成：

-第一重组核酸片段，其为SEQ ID NO: 1所示的序列或其互补序列；和

-第二重组核酸片段，其为SEQ ID NO: 3所示的序列或其互补序列和SEQ ID NO: 4所示的序列或其互补序列，以及SEQ ID NO:2所示的序列或其互补序列和SEQ ID NO:5所示的序列或其互补序列。

2.检测权利要求1所述重组核酸片段的引物组，其中所述引物组包含：

(I) 扩增第一重组核酸片段的引物对

5’-TGGTTCGACTACCTCGACAAGCG-3’，

5’-GGGACAGATGAGTAAATCGGTAGA-3’；以及

(II) 测序第一重组核酸片段的引物

5’-ACTAGGCATTTGCGTTTCCC-3’；

5’-ACAGCATTAGCCGTGTATT-3’；

5’-GGGACAGATGAGTAAATCGGTAGA-3’；和

(III) 扩增第二重组核酸片段的引物对

5’-CGCTGTCACCACTGATTCTACCT-3’，

5’-TGCTGGGATAGGTTGATAATACG-3’；

5’-TGGAGTTAGACCCGTGCTAGTAT-3’，

5’-AACAGTGATATTTTCGACCCAAG-3；以及

(IV) 测序第二重组核酸片段的引物

5’-GGTAACCTGCATCGCACGAA-3’；

5’-TGCTGGGATAGGTTGATAATACG-3’；

5’-TGGAGTTAGACCCGTGCTAGTAT-3’；

5’-TCACGAAGATGTTGGACGAG-3’。

3.选育含有权利要求1所述的重组核酸片段的水稻植株的方法，其中所述重组核酸片段具有稻瘟病抗性功能，并且所述方法包括以下步骤：

1) 将轮回亲本水稻‘广占63-4S’与供体水稻‘R6’进行杂交，将所得到的杂交种与轮回亲本进行回交，获得回交一代，利用正向选择标记Pi31和负向选择标记Pi2S67、Pi2S122对其进行抗稻瘟病基因组片段的单侧同源重组片段筛选，并利用水稻全基因组育种芯片对其进行背景选择；

2) 选择背景回复较好的重组单株与轮回亲本再次进行回交，获得回交二代，利用正向选择标记Pi31对其进行检测，选择含有抗稻瘟病基因组片段的重组单株，然后利用水稻全基因组育种芯片对其进行背景选择；

3) 选择背景回复好的重组单株与轮回亲本又一次进行回交，获得回交三代，利用正向选择标记Pi31和负向选择标记Pi2S67、Pi2S122对其进行抗稻瘟病基因组片段的另一侧同源重组片段筛选，并利用水稻全基因组育种芯片对其进行背景选择；以及

4) 选择导入片段小，且背景回复好的重组单株，将选中的重组单株自交一次，获得自交种，利用正向选择标记Pi31对其进行检测，并利用水稻全基因组育种芯片对其进行背景选择，最终获得含纯合基因组重组核酸片段且背景回复的水稻植株，

其中利用分子标记对重组植株进行前景选择时采用的扩增引物如下：

扩增分子标记Pi31的引物对为：

正向引物：5’-ATCCAAACCCGTTGTTGCAC-3’，

反向引物：5’-CGGCAATTGCCACGATGATA-3’；

扩增分子标记Pi2S67的引物对为：

正向引物：5’-CCGATGCAAGAACAAGCTAA-3’，

反向引物：5’-CCACCACATCACCAGTGTTT-3’；以及

扩增分子标记Pi2S122的引物对为：

正向引物：5’-GACTTGAAAACCAGTGCGTG-3’，

反向引物：5’-CCTACCTAATGGAAAGGATTGC-3’。

4.检测权利要求1所述的重组核酸片段的方法，其包括采用权利要求2所述的引物组，以待测基因组为模板进行PCR反应，并分析PCR产物的步骤。

5.检测权利要求1所述的重组核酸片段的试剂盒，其包括权利要求2所述的引物组。