[发明专利]一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法在审
| 申请号： | 201611005096.6 | 申请日： | 2016-11-15 |
| 公开（公告）号： | CN106778076A | 公开（公告）日： | 2017-05-31 |
| 发明（设计）人： | 肖岚;叶伟星;姜丽荣;孙子奎 | 申请（专利权）人： | 上海派森诺生物科技股份有限公司 |
| 主分类号： | G06F19/22 | 分类号： | G06F19/22;G06F19/16 |
| 代理公司： | 上海天翔知识产权代理有限公司31224 | 代理人： | 吕伴 |
| 地址： | 200231 上海市*** | 国省代码： | 上海;31 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 高效 针对 放线菌 基因组 拼接 方法 | ||
1.一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法，其特征在于，包括步骤：
步骤A、采用第三代测序平台对放线菌进行建库测序；
步骤B、采用第二代测序平台对放线菌进行建库测序；
步骤C、对第三代测序平台的下机数据进行拼接；
步骤D、对第二代测序平台的下机数据进行拼接；
步骤E、对两个平台的拼接结果进行共线性分析以得到各序列之间的连接关系，依赖该连接关系对序列进行连接；
步骤F、利用第二代测序平台下机数据对连接结果进行校正。
2.如权利要求1所述的一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法，其特征在于，所述步骤A中，所述第三代测序平台为PacBio RSⅡ。
3.如权利要求2所述的一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法，其特征在于，所述步骤B中，所述第二代测序平台为Illumina MiSeq。
4.如权利要求3所述的一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法，其特征在于，所述步骤C中，所述拼接软件为SMRT Analysis。
5.如权利要求4所述的一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法，其特征在于，所述步骤D中，所述拼接软件为Newbler。
6.如权利要求5所述的一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法，其特征在于，所述步骤E中，共线性分析软件为MUMMER。
7.如权利要求6所述的一种高效的针对于放线菌基因组拼接的方法，其特征在于，所述步骤F中，所述序列校正软件为pilon。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于上海派森诺生物科技股份有限公司，未经上海派森诺生物科技股份有限公司许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/pat/books/201611005096.6/1.html，转载请声明来源钻瓜专利网。
- 同类专利
- 专利分类
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
