[发明专利]一种CT切片数据可视化重构的八叉树并行构造方法有效
申请号: | 201611062125.2 | 申请日: | 2016-11-25 |
公开(公告)号: | CN106846457B | 公开(公告)日: | 2020-05-26 |
发明(设计)人: | 夏梓峻;孟祥飞;朱小谦;王文珂;冯景华;李菲菲;温佺;孙华文;郭佳 | 申请(专利权)人: | 国家超级计算天津中心 |
主分类号: | G06T17/00 | 分类号: | G06T17/00;G06T1/20;G06T1/60 |
代理公司: | 北京锺维联合知识产权代理有限公司 11579 | 代理人: | 黄利萍 |
地址: | 300457 天津市滨海新区第*** | 国省代码: | 天津;12 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 ct 切片 数据 可视化 八叉树 并行 构造 方法 | ||
1.一种CT切片数据可视化重构的八叉树并行构造方法,其具备TB级数据规模处理能力,其特征在于,该方法包括以下步骤:
A、按照CT切片数据组合而成的原始体数据尺寸X、Y和Z,树节点设定尺寸为x、y和z,计算获得X方向、Y方向和Z方向的剖分网格数目NX、NY和NZ,得到体数据的剖分网格数目N=NX*NY*NZ,按照该数目构造一份线性满八叉树的索引列表,剖分网格即代表八叉树的叶子节点;
B、完成索引列表各个属性字段填充,包括八叉树属性字段和树节点属性字段,按照按需构造-BONOs原则,根据实际存在的体数据进行划分:若节点内包含实际存在的体数据,则该节点被标识为存在,若节点只包含扩充的体数据,则该节点被标识为不存在;
C、根据原始体数据尺寸X、Y和Z,以及设定的节点分辨率尺寸x、y和z,进行体数据预取操作,将Z方向的z个CT切片数据文件预取至所有计算节点内存中;
D、将预取至内存的体数据子块,即其三维尺寸为X、Y和Z的体数据子块,在XOY平面进行X和Y方向进行等分,X方向划分,Y方向划分,将该体数据块划分为(X/x)*(Y/y)个叶子节点;
E、基于MPI+OpenMP编程模型,执行叶子节点数据并行转换操作,由PN个MPI进程将N个叶子节点进行并行转换,每个进程内部启动OpenMP多线程完成数据重排,使得切片文件数据转换为八叉树叶子节点数据格式,并存储为自定义二进制文件,将该转换操作迭代执行多次,完成整个体数据由CT切片数据格式向叶子节点二进制数据格式的转换操作;
F、根据线性满八叉树索引列表属性信息和MPI+OpenMP编程模型,从叶子节点所在层位开始进行自底向上八叉树并行构造,逐层向上合并构造中间节点,并将构造结果存储为自定义文件,存储路径保存至索引表中;
G、完成整棵八叉树构造,获得线性满八叉树索引列表和八叉树节点数据文件,满足体数据三维可视化重构目的。
2.根据权利要求1所述的CT切片数据可视化重构的八叉树并行构造方法,其特征在于,索引列表内包括以下信息:
a.体数据三维尺寸,即拟处理体数据的实际三维大小X、Y和Z;
b.节点三维尺寸,是BONOs树节点表示的体数据三维大小x、y和z;
c.实际节点数,是当前BONOs树的节点个数,包括根节点、中间节点和叶子节点;
d.八叉树深度,指当前BONOs树的深度;
e.是否BONO树:标识当前八叉树是否为BONO树;
f.是否压缩:标识当前八叉树存储前是否经过压缩;
g.线性八叉树地址向量,满线性八叉树,包括:
①节点标识:根据BONOs算法,若该树节点实际存在,则为真,否则为假;
②树节点坐标:树节点的三维坐标x1,y1和z1;
③节点Morton编码:节点的Morton编码;
④节点实际内存地址:节点数据所在的实际内存地址;
⑤节点邻域索引:标识出子节点相邻的其余体数据索引下标,包括面邻域、边邻域和角邻域,共27个;
⑥文件存储绝对路径:表示当前节点的文件存储路径。
3.根据权利要求1所述的CT切片数据可视化重构的八叉树并行构造方法,其特征在于,所述步骤C中,体数据子块数据预取操作步骤为:
a.按照节点尺寸x、y和z,以及切片数据大小,申请动态内存空间,等待数据缓存至内存;
b.按照OZ坐标轴方向将z个切片数据读取至节点内存;
c.根据体数据Z方向尺寸Z和树节点Z方向尺寸z,计算迭代次数K,其中K表示该数据预取过程将持续K次,K=┌Z/z┐。
4.根据权利要求1所述的CT切片数据可视化重构的八叉树并行构造方法,其特征在于,所述步骤D中,叶子节点网络并行划分的操作步骤为:
a.按照MPI并行规模PN,对本次叶子节点网格数N进行平均划分;
b.每一个进程P,确定拟处理的叶子节点个数和节点编号,确保所有节点能够被处理;
c.根据拟处理叶子节点数目,申请动态内存空间,分配待处理数据缓存区域。
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