[发明专利]测定胎儿游离DNA含量的方法及其用于实施该方法的装置

权利要求书

1.一种测定母体外周血中胎儿游离DNA含量的方法，包括以下步骤：

(1)对母体外周血的血浆DNA进行高通量单端测序，获得测序序列，其中所述高通量单端测序的读长为30-50bp；

(2)将所述测序序列与人类参考基因组进行比对，以确定每条测序序列在染色体上的编号及在染色体上的位置，将比对位置接近的两条序列作为本底事例，将比对位置接近、比对方向相反并且指向朝内的两条序列作为信号加本底事例，通过本底事例分布，估计出双端信号事例分布，并视为来源同一DNA片段的双端信号事例；和

(3)根据双端信号事例计算得到血浆DNA片段的长度分布，并根据血浆DNA片段的长度分布与胎儿游离DNA含量的关系计算胎儿游离DNA的含量。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述步骤(1)包括：提取母体外周血的血浆DNA，构建测序文库，并对所述测序文库进行高通量单端测序，获得测序序列。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述测序文库的构建采用PCR-free方案。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述测序序列数不小于4M。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，测序芯片序列数与上机DNA分子数的比例不小于0.1％。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述血浆DNA片段的长度分布与胎儿DNA含量的关系通过用男胎血浆DNA片段的长度分布和胎儿游离DNA含量做线性拟合获得。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述血浆DNA片段的长度分布是指长度为100-150bp的片段与长度为163-169bp的片段的比例。

8.一种用于测定母体外周血中胎儿游离DNA含量的装置，包括：

–检测模块，用于对母体外周血的血浆DNA进行高通量单端测序，获得测序序列，其中所述高通量单端测序的读长为30-50bp；

–比对模块，用于将所述测序序列与人类参考基因组进行比对，以确定每条测序序列在染色体上的编号及其在染色体上的位置，将比对位置接近、比对方向相同或指向朝外的两条序列作为本底事例，将比对位置接近、比对方向相反并且指向朝内的两条序列作为信号加本底事例，通过本底事例分布，估计出双端信号事例分布，视为来源同一DNA片段的双端信号事例；

–计算模块，用于根据双端信号事例计算得到血浆DNA片段的长度分布，并根据血浆DNA片段的长度分布与胎儿游离DNA含量的关系计算胎儿游离DNA的含量；和

-输出模块，用于输出所述胎儿游离DNA的含量。

9.根据权利要求8所述的装置，其中所述高通量单端测序包括：用母体外周血的血浆DNA构建测序文库，并对所述测序文库进行高通量单端测序，获得测序序列。

10.根据权利要求9所述的装置，其特征在于，所述测序文库的构建采用PCR-free方案。

11.根据权利要求8所述的装置，其特征在于，所述测序序列数不小于4M。

12.根据权利要求8所述的装置，其特征在于，测序芯片序列数与上机DNA分子数的比例不小于0.1％。

13.根据权利要求8所述的装置，其特征在于，所述血浆DNA片段的长度分布与胎儿DNA含量的关系通过用男胎血浆DNA片段的长度分布和胎儿游离DNA含量做线性拟合获得。

14.根据权利要求8所述的装置，其中所述血浆DNA片段的长度分布是指长度为100-150bp的片段与长度为163-169bp的片段的比例。