[发明专利]一种木质素合成途径中上位性效应检测方法

说明书

本发明提供了一种木质素合成途径中上位性效应检测方法，包括以下步骤：1)根据已知木质素合成通路，选取参与合成木质素单体的基因作为目的基因；2)对待测样品目的基因进行InDel位点基因型分型，获得待测样品的基因型数据；3)根据待测样品的基因型数据和待测样品的木质素含量，用epiSNP软件计算目的基因的上位性效应位点；4)对上位性效应位点间的上位性效应的显著性进行检测验证。本发明所述方法利用InDel位点基因型分型，采用简单的PCR就可以精准、简便的测定木质素合成通路中的上位性效应，实验技术成熟，操作简便，检测通量高。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，尤其涉及一种木质素合成途径中上位性效应检测方法。

背景技术

上位性效应是指在群体遗传学和数量遗传学中，非等位基因间的遗传效应为非相加性时，他们之间的遗传效应称为上位性效应，也就是位于不同基因座上的基因相互之间产生的非加性的相互作用。研究表明，上位性效应是物种分化、适应性以及杂种优势的重要遗传机制。

木质素(Lignin)是一种广泛存在于植物体中的无定形、分子结构中含有氧代苯丙醇或其衍生物结构单元的芳香性高聚物，其主要存在于植物的木质部中，维持极高的硬度并以此支撑整株植物的重量。木质素主要由三种木质素单体组成，包括p-香豆醇、松柏醇和芥子醇。木质素作为植物体中重要的组成成分，对其合成途径中的分子遗传学效应，尤其是合成途径中上位性效应进行检测，对于木质素的研究具有重大意义，现有技术中并没有关于对木质素上位性效应进行有效检测的报道。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种木质素合成途径中上位性效应检测方法。

为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：

本发明提供了一种木质素合成途径中上位性效应检测方法，包括

以下步骤：

1)根据已知木质素合成通路，选取待测样品中参与合成木质素单体的基因作为目的基因；

2)对所述目的基因进行InDel位点基因型分型，获得待测样品的基因型数据；

3)根据所述待测样品的基因型数据和待测样品的木质素含量，用epiSNP软件计算具有上位性效应的位点；

4)对所述上位性效应位点间的上位性效应的显著性进行检测验证。

优选的，所述待测样品为毛白杨。

优选的，所述目的基因为咖啡酰-辅酶A甲基转移酶基因6，PtoCCoAOMT6和4-香豆酸-辅酶A连接酶基因7，Pto4CL7。

优选的，所述步骤2)包括以下步骤：

2.1)根据咖啡酰-辅酶A甲基转移酶基因6，PtoCCoAOMT6和4-香豆酸-辅酶A连接酶基因7，Pto4CL7设计引物，以待测样品基因组DNA为模板进行PCR扩增，获得目的基因全长序列，将所述目的基因全长序列进行多重比对，得到InDel位点；

2.2)根据所述InDel位点设计PCR扩增标记引物，所述PCR扩增标记引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物的5'末端采用荧光基团修饰；

2.3)用所述PCR扩增标记引物对待测样本基因组DNA进行PCR扩增，用毛细管荧光凝胶电泳检测得到的扩增产物：若扩增产物中有两条条带，则该InDel位点的基因型为杂合型SL；若扩增产物中有一条条带且片段大小与杂合型SL中大的片段相同，则该InDel位点基因型为插入纯合型LL；若扩增产物中有一条条带且片段大小与杂合型SL中小的片段相同，则表示该InDel位点为缺失纯合型SS。