[发明专利]基于EXCELVBA的生物群落代谢多样性数据分析方法在审

专利信息
申请号: 201611198129.3 申请日: 2016-12-22
公开(公告)号: CN106599608A 公开(公告)日: 2017-04-26
发明(设计)人: 李琳;梁素钰;柳参奎;杜倩;田松岩;刘铁男;金淑梅 申请(专利权)人: 黑龙江省森林工程与环境研究所;东北林业大学
主分类号: G06F19/12 分类号: G06F19/12;G06F19/10
代理公司: 哈尔滨市松花江专利商标事务所23109 代理人: 杨立超
地址: 150040 黑龙*** 国省代码: 黑龙江;23
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摘要:
搜索关键词: 基于 excelvba 生物群落 代谢 多样性 数据 分析 方法
【权利要求书】:

1.基于EXCEL VBA的生物群落代谢多样性数据分析方法,其特征在于:基于EXCELVBA的数据分析方法具体过程为:

步骤一、称取相当于10g烘干土壤的新鲜土壤样品悬浮于90ml磷酸缓冲液中并稀释至10-3,将上清液接种至Biolog Eco微孔板上,在25℃培养箱中培养10天;

步骤二、培养4~6h后,使用酶标仪或Biolog自动微生物鉴定系统第一次读取590nm和750nm波长下Biolog Eco微孔板每个微孔中的吸光度值,此后每24h读取一次数据,连续10天读取数据,将10天读取的数据分别保存在一个时间命名为.xls文件中;

步骤三、将每天读取的数据导入Excel表格模板中,在Excel表格模板中将Biolog Eco微孔板根据底物不同进行分类,将每个微孔每次读取的590nm吸光度值减去750nm吸光度值作为该微孔在该时刻的最终吸光度值;

步骤四、根据吸光度值计算每次测定Biolog Eco微孔板每个微孔颜色平均变化率AWCD;

根据AWCD值绘制AWCD值随培养时间变化的曲线,选取曲线区域平衡时的AWCD值进行多样性指数的计算。

2.根据权利要求1所述基于EXCEL VBA的生物群落代谢多样性数据分析方法,其特征在于:所述Excel表格模板的具体执行过程为:

1)、打开Excel,进入A-BEP-DSAS界面;A-BEP-DSAS界面为Excel数据处理模板界面;

2)、单击A-BEP-DSAS界面中的Analysis,弹出数据分析窗口;

3)、在数据分析窗口中点击DataInput按钮,将连续10天测定的590nm及750nm吸光度值数据导入A-BEP-DSAS的Original Data sheet单元格内;

4)、在数据分析窗口的Sample ID及Sample Date窗口输入590nm和750nm波长下Biolog Eco微孔板每个微孔中的吸光度值,及590nm和750nm波长下Biolog Eco微孔板每个微孔中的吸光度值采集时间或数据分析时间;

5)、根据使用者处理数据的要求选择采用OD590nm或OD590nm-OD750nm数据进行多样性指数的计算,如果采用OD590nm,则选择No,如果采用OD590nm-OD750nm,则选择Yes;

6)、根据使用者处理数据的要求选择对某时间点数据进行分析;

7)、点击Analysis对数据进行分析处理,计算多样性指数,并统计各种碳源的利用情况;

8)、完成数据分析后,点击DataOutput将分析结果输入Summary Statement表格中对应的各列中;

9)、完成数据分析后点击Exit,退出Excel表格数据处理系统;

所述Analysis为分析;DataInput按钮为数据输入按钮;Original Data sheet为原始数据表;Sample ID为样品编号;Sample Date为样品编号;DataOutput为数据输出;Summary Statement表格为Excel总表;Exit为退出。

3.根据权利要求2所述基于EXCEL VBA的生物群落代谢多样性数据分析方法,其特征在于:所述步骤一中Biolog Eco微孔板含有96个微孔,除三个对照孔外,其余的孔均装有不同的单一碳底物。

4.根据权利要求3所述基于EXCEL VBA的生物群落代谢多样性数据分析方法,其特征在于:所述步骤四中根据吸光度值计算每次测定Biolog Eco微孔板每个微孔颜色平均变化率AWCD;

AWCD=∑(Ci-R)/31

式中:Ci为第i孔吸光度值;R为对照孔吸光度值,31为96孔Biolog Eco微孔板中的31种底物。

5.根据权利要求4所述基于EXCEL VBA的生物群落代谢多样性数据分析方法,其特征在于:所述步骤四中多样性指数包括Shannon指数H、Simpson指数D、McIntosh指数U、McIntosh Evenness指数、Pielou指数和Richness指数。

6.根据权利要求5所述基于EXCEL VBA的生物群落代谢多样性数据分析方法,其特征在于:所述Shannon指数H、Simpson指数D、McIntosh指数U、McIntosh Evenness指数、Pielou指数和Richness指数具体公式为:

Shannon指数H为:

H=-∑PilnPi

Pi=(Ci-R)/∑(Ci-R);

Shannon指数为物种多样数指数;

式中:Pi为第i孔的相对吸光值与整个平板相对吸光值总和的比率;

Simpson指数D为:

D=1-∑Pi2

Pi=(Ci-R)/∑(Ci-R)

Simpson指数为辛普森指数;

式中:Pi为第i孔的相对吸光值与整个平板相对吸光值总和的比率;

McIntosh指数U为:

U=(∑ni2)1/2

式中:ni为第i孔的相对吸光值;

McIntosh Evenness指数E为:

E=(N-U)/(N-N/S1/2)

N=∑ni

McIntosh Evenness指数为McIntosh均匀度指数;S为吸光度;

Pielou指数为:

EH=H/lnS;

Richness指数S为:

S≥0.2

Richness Index为丰富度指数;S为吸光度。

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