[发明专利]基于EXCELVBA的生物群落代谢多样性数据分析方法在审
申请号: | 201611198129.3 | 申请日: | 2016-12-22 |
公开(公告)号: | CN106599608A | 公开(公告)日: | 2017-04-26 |
发明(设计)人: | 李琳;梁素钰;柳参奎;杜倩;田松岩;刘铁男;金淑梅 | 申请(专利权)人: | 黑龙江省森林工程与环境研究所;东北林业大学 |
主分类号: | G06F19/12 | 分类号: | G06F19/12;G06F19/10 |
代理公司: | 哈尔滨市松花江专利商标事务所23109 | 代理人: | 杨立超 |
地址: | 150040 黑龙*** | 国省代码: | 黑龙江;23 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 excelvba 生物群落 代谢 多样性 数据 分析 方法 | ||
1.基于EXCEL VBA的生物群落代谢多样性数据分析方法,其特征在于:基于EXCELVBA的数据分析方法具体过程为:
步骤一、称取相当于10g烘干土壤的新鲜土壤样品悬浮于90ml磷酸缓冲液中并稀释至10-3,将上清液接种至Biolog Eco微孔板上,在25℃培养箱中培养10天;
步骤二、培养4~6h后,使用酶标仪或Biolog自动微生物鉴定系统第一次读取590nm和750nm波长下Biolog Eco微孔板每个微孔中的吸光度值,此后每24h读取一次数据,连续10天读取数据,将10天读取的数据分别保存在一个时间命名为.xls文件中;
步骤三、将每天读取的数据导入Excel表格模板中,在Excel表格模板中将Biolog Eco微孔板根据底物不同进行分类,将每个微孔每次读取的590nm吸光度值减去750nm吸光度值作为该微孔在该时刻的最终吸光度值;
步骤四、根据吸光度值计算每次测定Biolog Eco微孔板每个微孔颜色平均变化率AWCD;
根据AWCD值绘制AWCD值随培养时间变化的曲线,选取曲线区域平衡时的AWCD值进行多样性指数的计算。
2.根据权利要求1所述基于EXCEL VBA的生物群落代谢多样性数据分析方法,其特征在于:所述Excel表格模板的具体执行过程为:
1)、打开Excel,进入A-BEP-DSAS界面;A-BEP-DSAS界面为Excel数据处理模板界面;
2)、单击A-BEP-DSAS界面中的Analysis,弹出数据分析窗口;
3)、在数据分析窗口中点击DataInput按钮,将连续10天测定的590nm及750nm吸光度值数据导入A-BEP-DSAS的Original Data sheet单元格内;
4)、在数据分析窗口的Sample ID及Sample Date窗口输入590nm和750nm波长下Biolog Eco微孔板每个微孔中的吸光度值,及590nm和750nm波长下Biolog Eco微孔板每个微孔中的吸光度值采集时间或数据分析时间;
5)、根据使用者处理数据的要求选择采用OD590nm或OD590nm-OD750nm数据进行多样性指数的计算,如果采用OD590nm,则选择No,如果采用OD590nm-OD750nm,则选择Yes;
6)、根据使用者处理数据的要求选择对某时间点数据进行分析;
7)、点击Analysis对数据进行分析处理,计算多样性指数,并统计各种碳源的利用情况;
8)、完成数据分析后,点击DataOutput将分析结果输入Summary Statement表格中对应的各列中;
9)、完成数据分析后点击Exit,退出Excel表格数据处理系统;
所述Analysis为分析;DataInput按钮为数据输入按钮;Original Data sheet为原始数据表;Sample ID为样品编号;Sample Date为样品编号;DataOutput为数据输出;Summary Statement表格为Excel总表;Exit为退出。
3.根据权利要求2所述基于EXCEL VBA的生物群落代谢多样性数据分析方法,其特征在于:所述步骤一中Biolog Eco微孔板含有96个微孔,除三个对照孔外,其余的孔均装有不同的单一碳底物。
4.根据权利要求3所述基于EXCEL VBA的生物群落代谢多样性数据分析方法,其特征在于:所述步骤四中根据吸光度值计算每次测定Biolog Eco微孔板每个微孔颜色平均变化率AWCD;
AWCD=∑(Ci-R)/31
式中:Ci为第i孔吸光度值;R为对照孔吸光度值,31为96孔Biolog Eco微孔板中的31种底物。
5.根据权利要求4所述基于EXCEL VBA的生物群落代谢多样性数据分析方法,其特征在于:所述步骤四中多样性指数包括Shannon指数H、Simpson指数D、McIntosh指数U、McIntosh Evenness指数、Pielou指数和Richness指数。
6.根据权利要求5所述基于EXCEL VBA的生物群落代谢多样性数据分析方法,其特征在于:所述Shannon指数H、Simpson指数D、McIntosh指数U、McIntosh Evenness指数、Pielou指数和Richness指数具体公式为:
Shannon指数H为:
H=-∑PilnPi
Pi=(Ci-R)/∑(Ci-R);
Shannon指数为物种多样数指数;
式中:Pi为第i孔的相对吸光值与整个平板相对吸光值总和的比率;
Simpson指数D为:
D=1-∑Pi2
Pi=(Ci-R)/∑(Ci-R)
Simpson指数为辛普森指数;
式中:Pi为第i孔的相对吸光值与整个平板相对吸光值总和的比率;
McIntosh指数U为:
U=(∑ni2)1/2
式中:ni为第i孔的相对吸光值;
McIntosh Evenness指数E为:
E=(N-U)/(N-N/S1/2)
N=∑ni
McIntosh Evenness指数为McIntosh均匀度指数;S为吸光度;
Pielou指数为:
EH=H/lnS;
Richness指数S为:
S≥0.2
Richness Index为丰富度指数;S为吸光度。
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