[发明专利]与苹果斑点落叶病抗性相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明提供一种与苹果斑点落叶病抗性相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于用于调控苹果斑点落叶病抗性的miRNA初级转录本Md‑MIRLn12‑277的启动子上，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，该序列的378bp处碱基为T的苹果品种对苹果斑点落叶病的抗性显著高于此处碱基为G的苹果品种。可将其作为苹果属栽培品种对苹果斑点落叶病抗性的分子标记，用于筛选苹果斑点落叶病抗性资源和选育抗性苹果品种。

技术领域

本发明涉及植物分子生物学领域，具体地说，涉及一种与苹果斑点落叶病抗性相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

苹果斑点落叶病是苹果最主要真菌性病害之一，可通过向叶片释放各类毒力因子和效应因子影响植物代谢，使叶片出现过氧化物积累和细胞死亡。一系列研究表明，植物的抗病机制是病原菌侵入植物时，首先是位于细胞质膜的受体激酶会在识别病原菌后激活下游MAPK等信号途径使植物产生抗病性(PTI途径)；由于植物的抗病性使得病原菌会进化出一系列效应因子来克服植物的抗病性；为了识别病原菌的效应因子，植物也演化出一系列抗病基因(R基因)，激活抗病反应(ETI途径)，而miRNA是调控抗病基因的重要调控因子。

传统方法采用药剂防治病害会影响食品安全或造成环境污染。通过设计特异性引物进行PCR扩增并测序的鉴定方法可筛选苹果斑点落叶病抗性资源，选育抗性苹果品种是解决这一问题的最有效途径。

发明内容

本发明的目的是提供一种与苹果斑点落叶病抗性相关的SNP分子标记及其应用。

本发明以感病品种‘金冠’为试材利用miRNA二代测序筛选出接种苹果斑点落叶病Alternaria Alternariaf.spmali(ALT1)前后表达差异2倍以上的miRNA，获得一个新的miRNA，将其命名为Md-miRLn12(SEQ ID NO:5)。由于苹果感病品种叶片接种ALT1后Md-miRLn12及其初级转录本Md-MIRLn12-277表达会明显升高，但抗性品种无显著变化；因此克隆比较了二者Md-MIRLn12-277及其启动子区，发现抗性品种与感病品种Md-MIRLn12-277序列相同，但启动子区存在3个碱基不同，其中-1186bp SNP位点是决定Md-MIRLn12-277启动子活性的位点。因此，发明人通过这个SNP位点开发了选育抗斑点落叶病苹果品种的分子标记。

为了实现本发明目的，本发明与苹果斑点落叶病抗性相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于用于调控苹果斑点落叶病抗性的Md-miRLn12的初级转录本Md-MIRLn12-277的启动子上，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，该序列的378bp处碱基为T的苹果品种对苹果斑点落叶病的抗性显著高于此处碱基为G的苹果品种。用于调控苹果斑点落叶病抗性的Md-miRLn12的初级转录本Md-MIRLn12-277的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示。

本发明还提供用于检测所述与苹果斑点落叶病抗性相关的SNP分子标记的引物，包括正向引物F5’-AACACAGGGAGCACTTCTATTG-3’和反向引物R5'-GTCCGTTATTATACGAATAATTGG-3'。

本发明还提供所述与苹果斑点落叶病抗性相关的SNP分子标记在鉴定苹果斑点落叶病抗性品种及感病品种中的应用，包括以下步骤：

1)提取待测苹果植株的基因组DNA；

2)以待测苹果植株的基因组DNA为模板，利用所述引物F和R，进行PCR扩增反应；

3)检测PCR扩增产物，如果扩增产物序列中378bp处的碱基为T，则待测苹果植株属于苹果斑点落叶病抗性品种；如果扩增产物序列中378bp处的碱基为G，则待测苹果植株属于苹果斑点落叶病感病品种。