[发明专利]一种豌豆SSR指纹图谱的构建方法有效
申请号: | 201611247537.3 | 申请日: | 2016-12-29 |
公开(公告)号: | CN106636417B | 公开(公告)日: | 2020-02-11 |
发明(设计)人: | 宗绪晓;张红岩;杨涛;刘荣 | 申请(专利权)人: | 中国农业科学院作物科学研究所 |
主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11 |
代理公司: | 11002 北京路浩知识产权代理有限公司 | 代理人: | 王文君 |
地址: | 100081 北*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 豌豆 野生近缘种 豌豆品系 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 毛细管电泳检测 遗传多样性评价 核苷酸序列 标记组合 环境影响 技术支持 鉴定结果 亲缘关系 豌豆品种 豌豆种子 遗传变异 有效监控 作物品种 荧光PCR 构建 种质 真伪 应用 | ||
1.一种用于鉴别豌豆品系或其野生近缘种的分子标记组合,其特征在于,含有19个基因组SSR分子标记和12个EST-SSR分子标记,分别为SSR4825、SSR4696、SSR28304、SSR24036、B83、EST671、SSR27844、SSR25888、SSR24882、SSR23759、SSR21491、EST619、SSR24112、EST599、SSR22754、P14、SSR24731、SSR25334、EST876、SSR28967、SSR21399、SSR21405、P282、EST643、SSR25799、SSR25965、P291、P292、SSR22052、P344、EST617;
所述分子标记分别通过以下引物对扩增得到:SEQ ID NO.1-2、SEQ ID NO.3-4、SEQ IDNO.5-6、SEQ ID NO.7-8、SEQ ID NO.9-10、SEQ ID NO.11-12、SEQ ID NO.13-14、SEQ IDNO.15-16、SEQ ID NO.17-18、SEQ ID NO.19-20、SEQ ID NO.21-22、SEQ ID NO.23-24、SEQID NO.25-26、SEQ ID NO.27-28、SEQ ID NO.29-30、SEQ ID NO.31-32、SEQ ID NO.33-34、SEQ ID NO.35-36、SEQ ID NO.37-38、SEQ ID NO.39-40、SEQ ID NO.41-42、SEQ ID NO.43-44、SEQ ID NO.45-46、SEQ ID NO.47-48、SEQ ID NO.49-50、SEQ ID NO.51-52、SEQ IDNO.53-54、SEQ ID NO.55-56、SEQ ID NO.57-58、SEQ ID NO.59-60、SEQ ID NO.61-62所示的引物。
2.一种引物组合,其特征在于,含有以下31对特异性引物对,其核苷酸序列分别如SEQID NO.1-62所示。
3.含有权利要求2所述引物组合的试剂盒。
4.权利要求2所述的引物组合或权利要求3所述的试剂盒在鉴定豌豆品种中的应用。
5.权利要求2所述的引物组合或权利要求3所述的试剂盒在豌豆辅助育种中的应用。
6.一种豌豆SSR指纹图谱的构建方法,其特征在于,以权利要求2所述的引物组合对不同豌豆品系或其野生近缘种的DNA进行PCR扩增,对PCR产物进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测或对PCR产物进行荧光毛细管电泳检测:
纯合位点的等位变异大小数据记录为X/X,其中X为该位点等位变异的大小;
杂合位点的等位变异数据记录为X/Y,其中X、Y为该位点上两个不同的等位变异;
无效等位变异的大小记录为0/0;
上述“/”前为小片段,“/”后为大片段;
通过对不同位点的数据整合,形成不同豌豆的SSR指纹图谱。
7.如权利要求6所述的构建方法,其特征在于,PCR扩增方法为:
反应程序为:95℃预变性5min;95℃变性35s,54℃退火40s,72℃延伸45s,共35个循环;72℃延伸5min,10℃保温5min;
10μL扩增体系为:2×Taq PCR Master Mix 5μL,2μM/μL的上、下游引物各1μL,DNA模板1.5μL,ddH2O 2.5μL。
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