[发明专利]一种利用Genomic-SSR和EST-SSR两类标记鉴评蝴蝶兰遗传多样性的方法

说明书

本发明属于植物种质资源评价技术领域，具体公开了一种利用Genomic‑SSR和EST‑SSR两类标记鉴评蝴蝶兰遗传多样性的方法。鉴评方法中使用到特殊的引物组合，引物组合由2对Genomic‑SSR引物和8对EST‑SSR引物组成，2对Genomic‑SSR引物的序列如SEQ ID NO：1～4所示，8对EST‑SSR引物的序列如SEQ ID NO：5～20所示。本发明首次利用Genomic‑SSR和EST‑SSR两类SSR标记共同检测蝴蝶兰种质的遗传多样性，可弥补仅用单一分子标记检测的局限性，实验结果更有可靠性和代表性。

技术领域

本发明涉及植物种质资源评价技术领域，具体地，涉及一种利用Genomic-SSR和EST-SSR两类标记鉴评蝴蝶兰遗传多样性的方法。

背景技术

蝴蝶兰(Phalaenopsis)，系兰科(Orchidaceae)蝴蝶兰属(Phalaenopsis)多年生附生植物，如何平衡植物种质资源的收集和有效利用之间的矛盾是21世纪的焦点问题之一，受到世界性的广泛重视。蝴蝶兰，是世界上栽培最广泛、最普及的洋兰品种之一，具有极高的观赏价值与经济价值，而由于其在全世界各地广泛流行，杂交新品种层出不穷，加上地区间品种交换频繁，使其资源收集的数量越来越庞大，同物异名和同名异物的情况也越发严重，反而阻碍了蝴蝶兰种质资源的有效利用。

早期SSR标记开发需要构建基因组文库，通过测序寻找含有SSR结构的克隆，再根据SSR侧翼的保守序列设计特异性引物进行PCR扩增，这种基于基因组数据开发的SSR标记被称为Genomic-SSR。随着功能基因组学的发展，各个重要物种的EST(express sequencetags)序列数量迅速增大，基于EST序列开发EST-SSR成为微卫星标记新的发展方向，而且EST是来源于基因转录区域的3’或5’端测序的cDNA序列，与功能基因紧密连锁，所以利用EST序列开发SSR作为功能标记已广泛用于构建与特定功能相关的遗传连锁功能图谱。由于标记开发的来源不同，在其他花卉如梅花(Prunus mume Sieb.et Zucc.)等观赏植物研究中发现Genomic-SSR与EST-SSR具有一定的遗传差异性。如果在蝴蝶兰中也存在这种差异性，将会对蝴蝶兰的遗传多样性评价以及相关研究具有非常重要的指导意义。因此，本研究采用Genomic-SSR以及EST-SSR两类SSR分子标记对412个蝴蝶兰栽培种质的遗传差异性进行分析，为下一步综合运用不同来源的SSR标记进行相关研究奠定基础。现有遗传多样性评价，通常只采用一类SSR标记，检测的代表性不够全面。

发明内容

本发明的目的是为了克服现有技术的不足，提供一种利用Genomic-SSR和EST-SSR两类标记鉴评蝴蝶兰遗传多样性的方法。

为了实现上述目的，本发明是通过以下技术方案予以实现的：

一种鉴评蝴蝶兰遗传多样性的引物组合，所述引物组合由2对Genomic-SSR引物和8对EST-SSR引物组成，2对Genomic-SSR引物分别为G-1和G-2，G-1的序列如SEQ ID NO：1～2所示，G-2的序列如SEQ ID NO：3～4所示；8对EST-SSR引物分别为E-1、E-2、E-3、E-4、E-5、E-6、E-7、E-8，E-1的序列如SEQ ID NO：5～6所示，E-2的序列如SEQ ID NO：7～8所示，E-3的序列如SEQ ID NO：9～10所示，E-4的序列如SEQ ID NO：11～12所示，E-5的序列如SEQ ID NO：13～14所示，E-6的序列如SEQ ID NO：15～16所示，E-7的序列如SEQ ID NO：17～18所示，E-8的序列如SEQ ID NO：19～20所示。

如上所述的引物组合在鉴评蝴蝶兰遗传多样性中的应用。

一种鉴评蝴蝶兰遗传多样性的方法，包括如下步骤：

(1)提取待分析蝴蝶兰的总DNA；