[发明专利]检测肿瘤发展的系统和方法

权利要求书

1.一种检测肿瘤负荷的方法，其特征在于，包括步骤：

a.从患者的肿瘤组织样本提取的DNA中选择预定数量的生物标志基因以形成生物标志基因簇(“定制基因簇”)；

b.从患者的体液样本中分离循环的游离细胞DNA；

c.从游离细胞DNA片段中富集含有生物标志基因的DNA序列；

d.对富集的DNA进行测序；

e.对富集DNA中的突变DNA和正常DNA序列分别计数；和

f.获得患者的肿瘤负荷。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述生物标志基因簇至少包括5个生物标志基因。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述生物标志基因簇包括5-10个生物标志基因。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述生物标志基因簇包括11-20个生物标志基因。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述生物标志基因簇包括21-30个生物标志基因。

6.如权利要求1所述方法，其特征在于，所述步骤c包括以下步骤：

a.用生物标志基因簇特异性的引物进行多重PCR扩增；和

b.添加接头到扩增的DNA中以获得文库。

7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤d的测序在NGS平台上进行。

8.如权利要求1所述方法，其特征在于，所述方法进一步包括步骤：依据获得的游离细胞肿瘤负荷，指导患者的治疗方案。

9.如权利要求1所述方法，其特征在于，所述步骤还包括周期性地重复步骤b-f。

10.如权利要求1所述方法，其特征在于，所述步骤b-f每1-3个月重复一次。

11.如权利要求1所述方法，其特征在于，所述选择预定数目的生物标志基因包括以下步骤：

a.确定患者肿瘤组织样本中提取的DNA的体细胞突变；

b.就每种体细胞突变计算体细胞突变的克隆比率(CR)；

c.对所有的体细胞突变的体细胞突变克隆比率进行排名；和

d.从排名最高的体细胞突变中选择预定数量的体细胞突变作为生物标志基因。

12.如权利要求11所述方法，其特征在于，所述计算体细胞突变克隆比率的方法包括以下步骤：

a.确定肿瘤组织中肿瘤细胞百分比(肿瘤纯度，TP)；

b.对于每种体细胞突变，确定体细胞突变等位基因比率(体细胞等位基因比，SA)c.对于每种体细胞突变，确定在正常组织中与体细胞突变连锁的预订数量的胚系杂合体SNPs测序获得的杂合率的平均值(PLG)；

d.就每种体细胞突变，确定拷贝数改变值(CNVR)；和

e.通过公式计算体细胞突变克隆比：CR＝SA/((PLG-(TP)/CNVR)*0.5)。

13.如权利要求1所述方法，其特征在于，所述获得患者的肿瘤负荷的步骤包括：

a.就每个生物标志基因簇中的生物标志基因，通过以下步骤从循环肿瘤DNA测试中获得体细胞突变等位基因比率：

i.对所有循环DNA计数；

ii.对具有体细胞突变等位基因的循环DNA进行计数；和

iii用具有体细胞突变等位基因的循环DNA数量除以所有循环DNA数量，以获得体细胞突变等位基因比率；

b.就每个生物标志基因簇中的生物标志基因，获得权利要求12所述的体细胞突变克隆比率；和

c.以每种体细胞突变等位基因比率与相应的体细胞突变克隆比率的比值的平均值为基础，获得肿瘤负荷数据。