[发明专利]用于鉴别免疫组库中的疾病相关CDR3模式的方法

权利要求书

1.一种开发特定疾病的诊断试验的方法，所述方法包括下述步骤：

从患者组和对照组中的多个受试者中的每一个收集样品，其中所述患者组包含患有相同疾病的受试者，且所述对照组包含健康的受试者；其中患者组和对照组中受试者的数目分别为至少100，

将两组中的每个组的每位受试者的免疫组库扩增并测序以鉴别存在于样品中的每个独特CDR3序列并确定每个独特CDR3序列的存在频率；

鉴别在所述对照组和所述患者组中的每个组的至少两位受试者之间共享的CDR3序列；

将所述在所述对照组和所述患者组中的每个组的至少两位受试者之间共享的CDR3序列按存在频率的次序排序；

鉴别来自每个组的阳性Linklets，其中“Linklets”是存在于相同样品中的一对独特CDR3，“阳性Linklets”是存在于相同样品中的一对独特CDR3并且前一CDR3在样品中比后一CDR3以更高的水平表达；和

鉴别在统计上显著的程度与患者组有关的Linklets以提供疾病标签。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品是血液。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品是组织。

4.根据权利要求1所述的方法，其中鉴别出至少1,000个CDR3序列在所述对照组和所述患者组中的每个组的至少两位受试者之间共享。

5.根据权利要求1所述的方法，其中鉴别出至少10⁶个来自每个组的阳性Linklets。

6.根据权利要求1所述的方法，其中将与疾病标签有关的Linklets的最小数目确立为诊断数目。

7.根据权利要求6所述的方法，其中所述诊断数目是至少500。

8.一种开发特定疾病的诊断试验的方法，所述方法包括下述步骤：

从患者组和对照组中的多个受试者中的每一个收集血液样品，其中所述患者组包含已经被诊断患有相同疾病的受试者，且所述对照组包含被归类为健康的受试者，其中患者组和对照组中受试者的数目分别为至少100；

将两组中的每个组的每位受试者的免疫组库扩增并测序以鉴别存在于血液样品中的每个独特CDR3序列并确定每个独特CDR3序列的存在频率；

鉴别出在所述对照组和所述患者组中的每个组的至少两位受试者之间共享的至少1,000个CDR3序列；

将所述至少1,000个CDR3序列按照存在频率的次序排序；

鉴别来自每个组的至少10⁶个阳性Linklets，其中“Linklets”是存在于相同样品中的一对独特CDR3，“阳性Linklets”是存在于相同样品中的一对独特CDR3并且前一CDR3在样品中比后一CDR3以更高的水平表达；和

鉴别在统计上显著的程度与患者组有关的Linklets以提供疾病标签；

其中将与疾病标签有关的Linklets的最小数目确立为所述疾病的诊断数目。