[发明专利]稳定的RNA溶液

说明书

本文描述用于保护RNA不受水性溶液中自动催化和二价阳离子诱导的降解的方法和组合物。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2015年3月6日提交的美国临时专利申请号62/129,625的优先权，该文的全部内容通过引用纳入本文用于所有目的。

背景技术

核糖核酸(RNA)可用于多种应用，包括cDNA文库构建和通过测序的基因表达分析、数字扩增、Northern印迹、微阵列杂交或RT-PCR。这些应用各自通常需要在水性溶液相中贮存或处理RNA。然而，RNA在水性溶液中天然不稳定，因此必须谨慎操作以确保RNA样品的质量得到充分维持以供这些应用。例如，必须小心地保护RNA不被RNA酶降解。此外，RNA可通过多种酶非依赖性机制降解，包括自动催化降解。在一些情况中，RNA下游加工所需的化合物或条件可能会增加RNA降解。例如，溶液中游离或螯合的二价阳离子的存在可能会通过酶促或非酶促机制增加RNA的降解，而这类二价阳离子可能是实现所需酶催化和/或杂交反应所必需的。作为另一示例，热也可通过酶促或非酶促机制增加RNA的降解，而所述热可能是RNA分析方法的要素。

发明内容

一方面，本发明提供保护RNA在水性溶液中不被降解的方法，所述方法包括：-提供一种溶液，其包含：i.水；ii.RNA；iii.二价阳离子；和iv.含磷或含硫化合物；和-在至少25℃、37℃、40℃、50℃、55℃、60℃、65℃、70℃或75℃的温度孵育所提供的溶液，其中，相较于包含二价阳离子但不包含所述含磷或含硫化合物的水性溶液中的RNA，前述RNA被保护不受降解。

在一些实施方式中，所述提供包括从细胞或组织纯化RNA。在一些情况中，所述纯化的RNA不含或基本不含来自细胞或组织的内源性宿主蛋白质。在一些实施方式中，所述RNA具有0.1pg/mL～500μg/mL的浓度。在一些实施方式中，所提供的溶液还包含DNA酶。在一些情况中，所述DNA酶具有0.01U/μL～0.2U/μL的浓度。在一些情况中，所述RNA来自细胞或组织，并且所述DNA酶对于衍生所述RNA的细胞或组织是外源的或异源的。在一些情况中，所述DNA酶是重组DNA酶。在一些情况中，所述重组DNA酶是重组牛胰DNA酶I。

在一些情况中，在至少37℃、40℃、50℃、55℃、60℃、65℃、70℃或75℃的温度孵育所提供的溶液之前，所述方法包括在适于进行DNA酶反应的条件下孵育所提供的溶液。在一些情况中，在适于进行DNA酶反应的条件下孵育所提供的溶液之前，所提供的溶液包含DNA并且所述DNA酶反应降解所述DNA。在一些情况中，所提供的溶液的DNA的质量是所提供的溶液中的RNA的质量的30％或更少。在一些情况中，所提供的溶液中的DNA在所述DNA酶反应进行之前具有低于50ng/μL的浓度。在一些情况中，所述DNA是基因组DNA。在一些情况中，所述基因组DNA源自细胞或组织，并且所述RNA源自相同细胞或组织。

在一些实施方式中，所述方法包括在至少55℃、58℃、60℃、65℃、70℃或75℃的温度孵育所提供的溶液，并且在至少55℃、58℃、60℃、65℃、70℃或75℃的温度孵育所提供的溶液使DNA酶失活。在一些实施方式中，在至少55℃、58℃、60℃、65℃、70℃或75℃的温度孵育所提供的溶液之后，所述方法包括对所提供的溶液中的RNA定量。