[发明专利]用于单细胞遗传分析的系统和方法

权利要求书

1.一种用于并行分析单细胞的核酸的方法，所述方法包括：

(a)将包含待被分析的细胞悬浮液的液体介质接收到细胞储存器中；

(b)从通过细胞笼阵列与所述细胞储存器分开的封闭式储存器抽吸所述液体介质，直至分离的单细胞进入到所述细胞笼阵列的每一个细胞笼中，从而将单细胞分离在细胞笼中以产生分离的单细胞；

(c)将所述细胞笼阵列安装在微阵列上，所述微阵列包含多个DNA斑点，其中每一个DNA斑点包含对所述DNA斑点独特的探针和核酸条形码；

(d)引入用于细胞裂解以及核酸合成和扩增的缓冲液和诱导条件，以产生细胞中的扩增的核酸分子；以及

(e)将所述扩增的核酸分子测序，并且根据所述核酸条形码确定所测序的核酸分子的细胞来源；

其中所述液体介质流动通过与所述细胞储存器相邻的大开口并通过与所述封闭式储存器相邻的小开口，所述大开口足够大以用于使单细胞进入与所述细胞储存器相邻的一侧的每一个笼，所述小开口足够小以禁止细胞在与所述封闭式储存器相邻的一侧离开；并且

其中所述微阵列形成针对所述大开口的连续屏障，将每一个细胞分离在所述细胞笼的每一个中。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述大开口在10微米至150微米之间，且所述小开口在1微米至8微米之间。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述分析为至少部分转录物组分析。

4.如权利要求1所述的方法，其中步骤(d)包括将凝胶垫安装在所述细胞笼阵列上，所述凝胶垫包含选自裂解缓冲液和适于核酸扩增的缓冲液的至少一种缓冲液。

5.如权利要求1所述的方法，其中步骤(d)的所述条件以相继的方式包括：(i)逆转录酶反应；(ii)第二链合成反应，以及(iii)扩增反应，从而提供扩增的RNA的文库。

6.如权利要求5所述的方法，其中所述第二链合成选自DNA聚合酶反应、基于PCR的扩增和滚环扩增。

7.如权利要求5所述的方法，其中所述第二链合成包括使用DNA聚合酶I和RNA酶H。

8.如权利要求1所述的方法，其中所述探针包含聚胸腺嘧啶区域。

9.如权利要求1所述的方法，其中所述探针包含启动子。

10.如权利要求9所述的方法，其中所述启动子为T7启动子。

11.如权利要求1所述的方法，其中所述并行分析为10⁵至10⁶个细胞。

12.如权利要求1所述的方法，其中所述细胞悬浮液包含10⁵至10⁶个细胞。

13.如权利要求1所述的方法，其中用于细胞裂解的缓冲液为包含去垢剂的低渗缓冲液。